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- PDB-2fmc: Solution structure of the class I hydrophobin EAS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fmc
タイトルSolution structure of the class I hydrophobin EAS
要素Hydrophobin
キーワードSURFACE ACTIVE PROTEIN / beta barrel / flexible loop / disulphide bonds
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cell wall / fungal-type cell wall / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hydrophobin / Hydrophobin, conserved site / Fungal hydrophobins signature. / hfbii hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobin superfamily / Hydrophobin / Hydrophobins / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class I hydrophobin eas
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Kwan, A.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for rodlet assembly in fungal hydrophobins
著者: Kwan, A.H. / Winefield, R.D. / Sunde, M. / Matthews, J.M. / Haverkamp, R.G. / Templeton, M.D. / Mackay, J.P.
履歴
登録2006年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1891
ポリマ－8,1891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hydrophobin / Rodlet protein / Clock-controlled gene protein 2 / Blue light-induced protein 7 / EAS


分子量: 8189.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 組織: spores / 参照: UniProt: Q04571
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
2412D NOESY
2512D TOCSY
16215N-HSQC
1723D 15N-separated NOESY
182HNHA
1933D 13C-separated NOESY
110313C-HSQC
NMR実験の詳細Text: Other standard triple resonance NMR expts were also collected, including: HNCO, HNCA, HNCACB, CBCA(CO)NH, HCCH-TOCSY etc

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM EAS95% H2O/5% D2O
2U-15N 0.2mM EAS; 20mM sodium acetate95% H2O/5% D2O
3U-15N,13C 0.5mM EAS; 20mM sodium acetate95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
14.5ambient 298 K
24.5ambient 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Bruker解析
XEASY1.3.13Bartels et alデータ解析
ARIA1.2Linge et al構造決定
ARIA1.2Linge et al精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on: 1623 NOE-derived distance constraints, 90 dihedral angle restraints,10 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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