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万見
- PDB-2fiv: Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fiv
タイトルCrystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
要素
  • ACE-ALN-VAL-STA-GLU-ALN-NH2
  • FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ACID PROTEINASE-SUBSTRATE / ASPARTIC PROTEASE / RETROVIRAL PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FIV PROTEASE INHIBITOR LP-149; Ac-NA-Val-Sta-Glu-NA-NH2 / Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schalk-Hihi, C. / Lubkowski, J. / Zdanov, A. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
著者: Laco, G.S. / Schalk-Hihi, C. / Lubkowski, J. / Morris, G. / Zdanov, A. / Olson, A. / Elder, J.H. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of an Inhibitor Complex of the Proteinase from Feline Immunodeficiency Virus
著者: Wlodawer, A. / Gustchina, A. / Reshetnikova, L. / Lubkowski, J. / Zdanov, A. / Hui, K.Y. / Angleton, E.L. / Farmerie, W.G. / Goodenow, M.M. / Bhatt, D. / Zhang, L. / Dunn, B.M.
履歴
登録1997年7月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42015年12月16日Group: Structure summary
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
B: FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
I: ACE-ALN-VAL-STA-GLU-ALN-NH2
J: ACE-ALN-VAL-STA-GLU-ALN-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3336
ポリマ－28,1414
非ポリマー1922
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.490, 50.490, 74.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE / FIV PR


分子量: 13248.298 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P16088, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド ACE-ALN-VAL-STA-GLU-ALN-NH2 / FIV PROTEASE INHIBITOR LP-149


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 821.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
参照: FIV PROTEASE INHIBITOR LP-149; Ac-NA-Val-Sta-Glu-NA-NH2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE INHIBITOR ACE-ALN-VAL-STA-GLU-ALN-NH2 IS DISORDERED. IT APPEARS IN TWO ORIENTATIONS (CHAINS I ...THE INHIBITOR ACE-ALN-VAL-STA-GLU-ALN-NH2 IS DISORDERED. IT APPEARS IN TWO ORIENTATIONS (CHAINS I AND J) THAT ARE RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. THE OCCUPANCY OF EACH ORIENTATION IS 1/2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.67 %
結晶化pH: 5.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.0 MOLAR AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH=5.6.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
27 mg/mlLP-1491drop
35 mg/mlsubstrate1drop
450 mMimidazol-hydrochloride1drop
51 mMEDTA1drop
61 mMdithiothreitol1drop
72 Mammonium sulfate1reservoir
80.1 Msodium acetate1reservoir
1FIV PR1drop0.0025ml

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月23日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 63643 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.25 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 74.2
反射
*PLUS
Num. obs: 14984 / Num. measured all: 63643 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FIV

1fiv


解像度: 2→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 3
詳細: HUBER AND ENGH PARAMETERS WERE USED IN THE REFINEMENT. FOR NON-STANDARD RESIDUES (ALN, NAM, ACE, SO4) LIBRARIES BASED ON EXISTING PARAMETERS WERE CREATED BY SIMILARITY. THE X-RAY DATA ARE ...詳細: HUBER AND ENGH PARAMETERS WERE USED IN THE REFINEMENT. FOR NON-STANDARD RESIDUES (ALN, NAM, ACE, SO4) LIBRARIES BASED ON EXISTING PARAMETERS WERE CREATED BY SIMILARITY. THE X-RAY DATA ARE COMPATIBLE WITH THE SPACE GROUP P 31 2 1. THE LOWER SYMMETRY SPACE GROUP WAS UTILIZED IN REFINEMENT FOR TECHNICAL REASONS. THE CHAINS A AND B (AND I AND J) ARE THUS RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, EQUIVALENT TO TWO-FOLD AXIS DIFFERENTIATING THE TWO SPACE GROUPS. THE Z VALUE IS GIVEN ON THE ASSUMPTION OF IDENTITY OF CHAINS A AND B.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.162 --
obs0.162 12589 88.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 10 144 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it6.5831.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.5832
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.82.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1.35 Å2 / Rms dev position: 0.002 Å / Weight Biso : 0.5 / Weight position: 1000
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rwork0.236 1409
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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