PDB-2e0w: T391A precursor mutant protein of gamma-Glutamyltranspeptidase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e0w

タイトル

T391A precursor mutant protein of gamma-Glutamyltranspeptidase from Escherichia coli

要素

Gamma-glutamyltranspeptidase

キーワード

TRANSFERASE / Ntn hydrolase / precursor / gamma-gtp / post-translational processing / maturation

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid salvage / gamma-glutamyl-peptidase activity / gamma-glutamyltransferase / glutathione gamma-glutamate hydrolase / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process / glutathione biosynthetic process / self proteolysis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Okada, T. / Wada, K. / Fukuyama, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the gamma-glutamyltranspeptidase precursor protein from Escherichia coli. Structural changes upon autocatalytic processing and implications for the maturation mechanism
著者: Okada, T. / Suzuki, H. / Wada, K. / Kumagai, H. / Fukuyama, K.

履歴

登録	2006年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2025年6月4日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e0w.cif.gz	193.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e0w.ent.gz	153.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e0w_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e0w_full_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示
XML形式データ	2e0w_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	2e0w_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e0xC 2e0yC 2dbuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iir-d 3ozv-2 6deu-2 5knn-2 1y1t-d 6vpt-d 3nkf-2 3nkf-3 6gtr-d 4f4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyltranspeptidase

B: Gamma-glutamyltranspeptidase

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-glutamyltranspeptidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gamma-glutamyltranspeptidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.6, 134.6, 118.4
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltransferase large subunit and small subunit 分子量: 59291.562 Da / 分子数: 2 / 変異: T391A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: ggt / プラスミド: pT391A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SH641 / 参照: UniProt: P18956, gamma-glutamyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% PEG 4000, 10% iso-propanol, 0.1M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月16日
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 33506 / Num. obs: 33506 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.314 / Num. unique all: 3262 / Χ²: 0.91 / % possible all: 91.9

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.46 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.578

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	37.35 Å
Translation	3 Å	37.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A MOLECULE (CHAIN ID A,B) OF PDB ENTRY 2DBU

2dbu

解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 25.594 / SU ML: 0.269 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1521	4.9 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
all	0.22	30764	-	-
obs	0.22	30764	92.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.856 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7415	0	0	53	7468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.967	10259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.761	25.461	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.151	15	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.815	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5727
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	3986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.402	1.5	5048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.705	2	7874
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.022	3	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.615	4.5	2385

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	97	-
R_work	0.24	1953	-
obs	-	2050	85.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1188	-0.1944	1.0129	1.4838	-0.39	2.1101	-0.0809	0.0769	-0.007	-0.0047	0.0314	0.2073	-0.1738	-0.0861	0.0494	-0.1877	-0.0073	0.0484	-0.0412	-0.0362	0.0952	-14.696	38.619	5.835
2	2.3037	0.73	-0.0056	1.6789	-0.3902	1.2907	-0.1485	0.589	0.0355	-0.1857	0.0997	-0.0432	-0.1143	-0.0329	0.0487	-0.1669	-0.0133	0.0072	0.0653	-0.0386	-0.0295	-11.772	40.466	-8.096
3	2.2567	-0.4045	1.1721	2.8933	-1.6105	1.604	0.1952	0.0925	-1.0701	0.1003	0.1411	-0.1194	0.323	-0.2618	-0.3363	-0.1625	-0.0128	-0.0007	-0.1211	-0.1247	0.4874	-13.2	10.778	6.575
4	1.6255	-0.5961	1.1278	5.2076	0.6928	1.0279	0.1916	0.1411	-0.6583	-0.198	-0.0394	0.588	0.5185	-0.0801	-0.1522	-0.1195	-0.0351	0.0435	-0.0509	-0.1973	0.4032	-18.828	6.172	0.961
5	1.7599	0.7047	0.1401	1.1816	-1.3836	2.3642	-0.1849	0.4258	-0.4426	-0.1401	-0.2025	-0.051	0.0577	0.0592	0.3875	-0.1646	0.0135	0.0283	0.089	-0.0583	0.0602	-10.493	36.165	-6.189
6	1.9726	-0.1446	0.4914	1.2819	-0.1839	0.9796	0.0865	0.1449	-0.452	0.0743	-0.0711	0.0043	0.0357	-0.0016	-0.0154	-0.171	-0.0151	0.028	-0.0584	-0.0699	0.2498	-8.743	23.194	8.372
7	2.6319	0.3386	1.0269	0.5657	0.7778	1.6048	0.007	-0.0841	-0.1547	-0.0038	-0.0548	-0.1286	-0.0945	0.0572	0.0478	-0.1577	-0.0171	0.0062	-0.0377	0.0213	0.1603	16.735	41.287	22.143
8	2.8586	-0.0048	0.3814	1.6439	0.3005	1.0232	-0.006	-0.6842	0.1802	0.1094	-0.0003	-0.1505	-0.0563	0.0432	0.0063	-0.2348	-0.0083	-0.0301	0.0362	0.0195	-0.0211	13.837	42.772	32.854
9	9.0167	5.016	0.4467	13.5902	1.0514	0.0818	0.3407	-0.9103	-0.9082	1.1838	-0.2214	-0.2494	0.7667	-0.1078	-0.1193	0.0168	0.0409	-0.133	0.0828	0.3915	0.1878	18.743	17.84	37.951
10	2.8799	0.8621	1.0505	5.1614	-0.57	0.655	0.3172	-0.7391	-0.6369	0.9327	-0.1723	-0.5572	0.1572	-0.0609	-0.1448	-0.0761	-0.0011	-0.2031	0.056	0.3055	0.2931	19.44	16.077	36.399
11	5.5351	-0.4331	-1.0901	1.8284	1.8933	2.433	0.0224	-0.4342	-0.1354	0.0681	-0.0911	-0.0486	-0.0082	-0.0322	0.0686	-0.1929	0.0331	-0.078	-0.0101	0.032	0.0775	13.391	44.253	32.804
12	1.809	0.4476	0.4609	1.0488	0.1507	1.084	0.109	-0.2092	-0.4292	0.0217	0.049	-0.1859	0.1576	0.0542	-0.158	-0.1399	0.0372	-0.052	-0.0552	0.0658	0.257	11.287	25.574	23.371

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	29 - 120	5 - 96
2	2	A	A	141 - 308	117 - 284
3	3	A	A	309 - 341	285 - 317
4	4	A	A	349 - 381	325 - 357
5	5	A	A	384 - 431	360 - 407
6	6	A	A	459 - 580	435 - 556
7	7	B	B	29 - 122	5 - 98
8	8	B	B	143 - 328	119 - 304
9	9	B	B	329 - 340	305 - 316
10	10	B	B	347 - 392	323 - 368
11	11	B	B	393 - 431	369 - 407
12	12	B	B	459 - 580	435 - 556

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