PDB-2cke: Human death-associated DRP-1 kinase in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cke

タイトル

Human death-associated DRP-1 kinase in complex with inhibitor

要素

DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / APOPTOSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of eosinophil chemotaxis / autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / anoikis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kursula, P. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Drp-1 Complexed with an Inhibitor
著者: Kursula, P. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2006年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cke.cif.gz	245.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cke.ent.gz	198.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cke_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cke_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2cke_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	2cke_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2cke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2cke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a2aS 1wmk 1wrz S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b4l-d 4uv0-d 4tl0-d 6fhb-d 4g5q-2 1wmk-1 3dm6-2 1z9x-3 6qug-7 1wmk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

C: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

D: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.210, 60.480, 99.280
Angle α, β, γ (deg.)	92.09, 103.39, 94.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2 / HUMAN DRP-1 KINASE / DAP KINASE 2 / DAP-KINASE- RELATED PROTEIN 1 / DRP-1 分子量: 37166.504 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 11-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PDEST-15 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: Q9UIK4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-IQU / N-(2-AMINOETHYL)ISOQUINOLINE-5-SULFONAMIDE 分子量: 251.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₃O₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.2 M LI SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 25 % PEG 4000, 15 % GLYCEROL, 10 MM DTT.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.814
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.814 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 30010 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A2A

2a2a

解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 37.206 / SU ML: 0.341 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	1497	5 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.206	28431	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0.1 Å²	0.72 Å²
2-	-	-1.03 Å²	1.74 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9776	0	68	60	9904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	10040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.882	1.97	13550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.738	3	16967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.103	5	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.914	24.48	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.269	15	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.684	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	11003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	6865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.152	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.062	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.425	2	6304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.741	3	9720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.559	4	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.86	5	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.355	110
R_work	0.296	2087

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5228	-0.7594	0.3854	1.9066	-1.4969	2.6029	-0.0847	-0.0387	0.0883	0.1917	0.1393	-0.063	-0.174	-0.1393	-0.0546	-0.0657	-0.0627	-0.0125	-0.1082	-0.0651	-0.1271	-0.2394	-0.5562	1.8545
2	2.3769	1.6426	0.0211	2.7829	0.5806	1.3298	-0.0082	-0.0602	-0.0854	0.0606	-0.0039	-0.2673	0.0684	0.1716	0.0121	-0.1238	0.0973	0.0121	-0.0909	0.0129	-0.074	-21.4029	11.6668	27.8406
3	2.3746	-1.2651	0.0559	2.4522	-0.4263	1.4836	0.0593	-0.0328	-0.3234	-0.0313	-0.1328	0.1482	0.1211	-0.1054	0.0735	-0.1717	-0.0413	0.0114	-0.0765	-0.0052	-0.1203	-34.483	-19.8039	53.1786
4	1.5673	0.7658	0.2237	3.0877	1.6275	2.8293	0.082	0.09	0.1132	-0.1349	-0.1328	0.1581	-0.281	-0.0041	0.0508	-0.137	0.008	0.0149	-0.1524	0.0346	-0.1245	-54.3266	-34.7531	78.3176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1302
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1302
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1302
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1302

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関連情報:EMDBヘッダ

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