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万見
- PDB-2af6: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Flavin dependent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2af6
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Flavin dependent thymidylate synthase (Mtb ThyX) in the presence of co-factor FAD and substrate analog 5-Bromo-2'-Deoxyuridine-5'-Monophosphate (BrdUMP)
要素Thymidylate synthase thyX
キーワードTRANSFERASE / M.tuberculosis / ThyX / FDTS / TSCP / flavin dependent thymidylate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3180 / Helix Hairpins - #440 / Helix Hairpins - #450 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special ...Alpha-Beta Plaits - #3180 / Helix Hairpins - #440 / Helix Hairpins - #450 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-BROMO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IODIDE ION / Flavin-dependent thymidylate synthase / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD in combination with Molecular Replacement / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Turley, S. / Ulmer, J.E. / Rhie, H.G. / Sibley, C.H. / Hol, W.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis Flavin Dependent Thymidylate Synthase (MtbThyX) at 2.0A Resolution.
著者: Sampathkumar, P. / Turley, S. / Ulmer, J.E. / Rhie, H.G. / Sibley, C.H. / Hol, W.G.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase thyX
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
E: Thymidylate synthase thyX
F: Thymidylate synthase thyX
G: Thymidylate synthase thyX
H: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,69948
ポリマ－231,7608
非ポリマー11,93940
水17,817989
1
A: Thymidylate synthase thyX
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,94225
ポリマ－115,8804
非ポリマー6,06221
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: Thymidylate synthase thyX
F: Thymidylate synthase thyX
G: Thymidylate synthase thyX
H: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,75823
ポリマ－115,8804
非ポリマー5,87819
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
F: Thymidylate synthase thyX
H: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,81511
ポリマ－57,9402
非ポリマー2,8759
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
4
E: Thymidylate synthase thyX
G: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,94212
ポリマ－57,9402
非ポリマー3,00210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
5
B: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,90712
ポリマ－57,9402
非ポリマー2,96710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
6
A: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,03413
ポリマ－57,9402
非ポリマー3,09411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
7
E: Thymidylate synthase thyX
H: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,81511
ポリマ－57,9402
非ポリマー2,8759
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
8
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,68810
ポリマ－57,9402
非ポリマー2,7488
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
9
F: Thymidylate synthase thyX
G: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,94212
ポリマ－57,9402
非ポリマー3,00210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
10
A: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,25315
ポリマ－57,9402
非ポリマー3,31313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.090, 78.300, 168.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91A
101B
111C
121D
131E
141F
151G
161H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALAAA3 - 1973 - 197
21GLUGLUALAALABB3 - 1973 - 197
31GLUGLUALAALACC3 - 1973 - 197
41GLUGLUALAALADD3 - 1973 - 197
51GLUGLUALAALAEE3 - 1973 - 197
61GLUGLUALAALAFF3 - 1973 - 197
71GLUGLUALAALAGG3 - 1973 - 197
81GLUGLUALAALAHH3 - 1973 - 197
92ARGARGSERSERAA199 - 244199 - 244
102ARGARGSERSERBB199 - 244199 - 244
112ARGARGSERSERCC199 - 244199 - 244
122ARGARGSERSERDD199 - 244199 - 244
132ARGARGSERSEREE199 - 244199 - 244
142ARGARGSERSERFF199 - 244199 - 244
152ARGARGSERSERGG199 - 244199 - 244
162ARGARGSERSERHH199 - 244199 - 244
詳細The biological assembly of MtbThyX is a tetramer. In this crystal structure asymmetric unit contain two tetrameric molecules. Chains A,B,C and D or E, F,G and H describes biologically active tetramer.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Thymidylate synthase thyX / TS / TSase


分子量: 28969.977 Da / 分子数: 8 / 変異: I65M / L175M double mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: thyX / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P66930, UniProt: P9WG57*PLUS, thymidylate synthase (FAD)

-
非ポリマー , 5種, 1029分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-BRU / 5-BROMO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 387.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12BrN2O8P
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100mM Sodium acetate, 200mM potassium iodide, 2mM DTT and PEG3350, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月23日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.013→44.95 Å / Num. all: 132869 / Num. obs: 132869 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.73 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 12213 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: SAD in combination with Molecular Replacement
開始モデル: PDB ENTRY 1O26

1o26


解像度: 2.01→44.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.43 / SU ML: 0.125 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.184
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24292 6506 4.9 %RANDOM
Rwork0.19548 ---
all0.1978 132869 --
obs0.1978 126330 95.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15074 0 686 989 16749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02216176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.99222138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.44151956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.28622.444716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.934152390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.01415161
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.27595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.211115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6811.59854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.139215757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66737255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5684.56373
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1828 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.630.5
2Bmedium positional0.450.5
3Cmedium positional0.50.5
4Dmedium positional0.40.5
5Emedium positional0.330.5
6Fmedium positional0.450.5
7Gmedium positional0.370.5
8Hmedium positional0.420.5
1Amedium thermal0.842
2Bmedium thermal0.942
3Cmedium thermal0.742
4Dmedium thermal0.682
5Emedium thermal1.112
6Fmedium thermal1.432
7Gmedium thermal1.162
8Hmedium thermal1.042
LS精密化 シェル解像度: 2.013→2.065 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 401 -
Rwork0.229 7928 -
obs-8329 81.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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