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万見
- PDB-1zvo: Semi-extended solution structure of human myeloma immunoglobulin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zvo
タイトルSemi-extended solution structure of human myeloma immunoglobulin D determined by constrained X-ray scattering
要素
  • Immunoglobulin delta heavy chain
  • myeloma immunoglobulin D lambda
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


monocyte activation / positive regulation of interleukin-1 production / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis ...monocyte activation / positive regulation of interleukin-1 production / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-1 beta production / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin D, delta linker region / : / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...: / Immunoglobulin D, delta linker region / : / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda variable 1-47 / Immunoglobulin delta heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン
データ登録者Sun, Z. / Almogren, A. / Furtado, P.B. / Chowdhury, B. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Semi-extended Solution Structure of Human Myeloma Immunoglobulin D Determined by Constrained X-ray Scattering.
著者: Sun, Z. / Almogren, A. / Furtado, P.B. / Chowdhury, B. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
履歴
登録2005年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myeloma immunoglobulin D lambda
B: myeloma immunoglobulin D lambda
C: Immunoglobulin delta heavy chain
D: Immunoglobulin delta heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,4934
ポリマ－158,4934
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 myeloma immunoglobulin D lambda / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22962.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Myeloma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01700*PLUS
#2: 抗体 Immunoglobulin delta heavy chain / Immunoglobulin delta heavy chain WAH / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 56284.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Myeloma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: 12.5 MM NA PHOSPHATE, 140 MM NACL / Conc. range: 0.30-0.89 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Data reduction software list: MULTICCD / 検出器タイプ: FRELON CCD CAMERA / Max mean cross sectional radii gyration: 1.24 nm / Max mean cross sectional radii gyration esd: 0.15 nm / Mean guiner radius: 6.94 nm / Mean guiner radius esd: 0.12 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 1.93 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.04 nm / Num. of time frames: 1 / Protein length: 1 / Sample pH: 7.2 / Source beamline: ID02 / Source class: Y / Source type: ESRF BEAMLINE ID02 / 温度: 288 K

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解析

ソフトウェア名称: Insight II / バージョン: II 98.0 / 分類: モデル構築
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 0 0 1452
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG AND RXS-1 VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG AND RXS-1 VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A GOODNESS-OF-FIT R-FACTOR DEFINED BY ANALOGY WITH PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY
詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE FAB AND FC FRAGMENTS BY TRIAL AND ERROR CONSTRAINED MODELLING. THE POSITIONS OF THE FRAGMENTS WERE DETERMINED BY AN APPROACH THAT COMBINED RANDOMISED HINGE ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE FAB AND FC FRAGMENTS BY TRIAL AND ERROR CONSTRAINED MODELLING. THE POSITIONS OF THE FRAGMENTS WERE DETERMINED BY AN APPROACH THAT COMBINED RANDOMISED HINGE PEPTIDE STRUCTURES PRODUCED BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS WITH CURVE-FITTING TO EXPERIMENTAL X-RAY SOLUTION SCATTERING DATA. A SINGLE ARRANGEMENT OF THE FAB AND FC FRAGMENTS IS PRESENTED, WHICH IS REPRESENTATIVE OF A FAMILY OF STRUCTURES THAT FIT THE SCATTERING DATA. MORE DETAILS ON THE MODELLING STRATEGY ARE CONTAINED IN THE PRIMARY REFERENCE.
Num. of conformers calculated: 8500 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: ACCELRYS
Software list: INSIGHT II, HOMOLOGY, DISCOVERY, BIOPOLYMER, DELPHI, O, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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