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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z9t | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LACCASE (YFIH) FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.54 A RESOLUTION | ||||||
![]() | Hypothetical UPF0124 protein yfiH | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PUTATIVE LACCASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / adenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / adenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Hypothetical UPF0124 protein yfiH (np_417084.1) from Escherichia coli K12 at 1.54 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1u05S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28064.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5 詳細: 0.2M (NH4)2HCitrate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月16日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(311) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.983967 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.54→60.3 Å / Num. obs: 44917 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1u05 解像度: 1.54→60.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.087 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MASS SPEC ANALYSIS SHOWED THAT THE SE-METHIONINE INCORPATION RATE WAS ONLY 63% AND THE MODEL IS BUILT WITH THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MASS SPEC ANALYSIS SHOWED THAT THE SE-METHIONINE INCORPATION RATE WAS ONLY 63% AND THE MODEL IS BUILT WITH THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES AT 0.75 OCCUPANCY TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER FROM THE 37% S-MET RESIDUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.354 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→60.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -11.7438 Å / Origin y: 20.0477 Å / Origin z: 2.7803 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |