PDB-1z9t: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LACCASE (YFIH) FROM ESCHERICHIA C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z9t

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LACCASE (YFIH) FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.54 A RESOLUTION

要素

Hypothetical UPF0124 protein yfiH

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PUTATIVE LACCASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / adenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Hypothetical UPF0124 protein yfiH (np_417084.1) from Escherichia coli K12 at 1.54 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z9t.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z9t.ent.gz	49.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u05S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kkx-2 4jbb-d 6tqa-2 1v3r-d 2jtc-d 5fbj-d 4mxn-2 4z2p-d 4aap-2 6lb6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358298

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical UPF0124 protein yfiH

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.711, 80.711, 90.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Hypothetical UPF0124 protein yfiH 分子量: 28064.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yfiH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33644
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5 詳細: 0.2M (NH4)2HCitrate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.983967

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月16日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(311) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.983967 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→60.3 Å / Num. obs: 44917 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	Diffraction-ID
1.54-1.58	100	7	1	3259	0.758	1
1.58-1.62	100	7	1.3	3181	0.588	1
1.62-1.67	100	7	1.6	3090	0.492	1
1.67-1.72	100	7	1.9	3012	0.413	1
1.72-1.78	100	7	2.3	2927	0.333	1
1.78-1.84	100	7	3	2850	0.258	1
1.84-1.91	100	7	3.7	2715	0.199	1
1.91-1.99	100	6.9	4.2	2649	0.166	1
1.99-2.08	100	6.9	5.5	2542	0.128	1
2.08-2.18	100	6.9	7.1	2435	0.102	1
2.18-2.3	100	6.8	7.3	2313	0.091	1
2.3-2.43	100	6.8	9.1	2209	0.076	1
2.43-2.6	100	6.8	10.2	2079	0.066	1
2.6-2.81	100	6.8	10.2	1922	0.064	1
2.81-3.08	100	6.6	10.7	1798	0.058	1
3.08-3.44	100	6.3	11.2	1626	0.053	1
3.44-3.98	99.9	5.8	11.9	1458	0.049	1
3.98-4.87	100	6.9	14.9	1258	0.037	1
4.87-6.89	100	6.8	19.9	995	0.03	1
6.89-60.3	98.6	5.9	18	599	0.03	1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1u05

1u05

解像度: 1.54→60.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.087 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MASS SPEC ANALYSIS SHOWED THAT THE SE-METHIONINE INCORPATION RATE WAS ONLY 63% AND THE MODEL IS BUILT WITH THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.172	2262	5 %	RANDOM
R_work	0.142	-	-	-
all	0.143	-	-	-
obs	0.14324	42591	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.354 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→60.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1799	0	102	218	2119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.732	1.973	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.447	3	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.88	5	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.249	23.375	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.755	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.24	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.004	3	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.474	3	491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.437	5	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.358	8	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.193	11	695

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	178	-
R_work	0.209	3082	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.7438 Å / Origin y: 20.0477 Å / Origin z: 2.7803 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0599 Å²	-0.0136 Å²	0.0089 Å²	-	-0.0317 Å²	-0.0228 Å²	-	-	-0.008 Å²
L	1.0029 °²	-0.3494 °²	-0.3517 °²	-	0.4629 °²	0.2194 °²	-	-	0.6086 °²
S	-0.0343 Å °	0.0688 Å °	-0.001 Å °	-0.0294 Å °	-0.0136 Å °	0.02 Å °	-0.0013 Å °	-0.0449 Å °	0.0478 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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