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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z5p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MTA/AdoHcy nucleosidase with a ligand-free purine binding site | ||||||
![]() | MTA/SAH nucleosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / mixed alpha/beta | ||||||
機能・相同性 | ![]() toxic metabolite repair / purine deoxyribonucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, J.E. / Smith, G.D. / Horvatin, C. / Huang, D.J.T. / Cornell, K.A. / Riscoe, M.K. / Howell, P.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of MTA/AdoHcy nucleosidase along the reaction coordinate provide insights into enzyme and nucleoside flexibility during catalysis 著者: Lee, J.E. / Smith, G.D. / Horvatin, C. / Huang, D.J.T. / Cornell, K.A. / Riscoe, M.K. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two-fold axis: -x, y, -z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25488.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ribose binding site contains glycerol and PEG / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P24247, UniProt: P0AF12*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-IPA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, PEG 2000 MME, sodium HEPES, isopropanol, QX-10000024, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→31.27 Å / Num. all: 21178 / Num. obs: 21178 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JYS 解像度: 2→31.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 999641.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.7257 Å2 / ksol: 0.386018 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→31.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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