PDB-1ynn: Taq RNA polymerase-rifampicin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ynn

タイトル

Taq RNA polymerase-rifampicin complex

要素

(DNA-directed RNA polymerase ...) x 4

キーワード

TRANSFERASE / RNA polymerase / RIFAMPICIN

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

PTS-regulatory domain, PRD - #20 / PTS-regulatory domain, PRD / DNA polymerase; domain 1 - #390 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 ...PTS-regulatory domain, PRD - #20 / PTS-regulatory domain, PRD / DNA polymerase; domain 1 - #390 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermus aquaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Campbell, E.A. / Pavlova, O. / Zenkin, N. / Leon, F. / Irschik, H. / Jansen, R. / Severinov, K. / Darst, S.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural, functional, and genetic analysis of sorangicin inhibition of bacterial RNA polymerase
著者: Campbell, E.A. / Pavlova, O. / Zenkin, N. / Leon, F. / Irschik, H. / Jansen, R. / Severinov, K. / Darst, S.A.

履歴

登録	2005年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ynn.cif.gz	643.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ynn.ent.gz	498.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ynn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ynn_validation.pdf.gz	920.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ynn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1ynn_validation.xml.gz	117.1 KB	表示
CIF形式データ	1ynn_validation.cif.gz	156.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ynjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ynj-d 5tmf-d 3dxj-2 22446 3dxj-1 5tmc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (9) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (11)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain

B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain

C: DNA-directed RNA polymerase beta chain

D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain

J: DNA-directed RNA polymerase beta' chain

K: DNA-directed RNA polymerase omega chain

ヘテロ分子

550 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	200.760, 200.760, 292.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 4種, 6分子 ABCDJK

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase alpha chain / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase alpha subunit 分子量: 34830.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU8, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase beta chain / RNAP beta subunit / Transcriptase beta chain / RNA polymerase beta subunit 分子量: 124930.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase beta' chain / RNAP beta' subunit / Transcriptase beta' chain / RNA polymerase beta' subunit 分子量: 171187.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU6, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase omega chain / RNAP omega subunit / Transcriptase omega chain / RNA polymerase omega subunit 分子量: 11642.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9EVV4, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物	ChemComp-RFP / RIFAMPICIN 分子量: 822.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₈N₄O₁₂
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 87596 / Num. obs: 75420 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / % possible all: 71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.845 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.781 / SU B: 39.948 / SU ML: 0.624 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.679 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33051	3874	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27138	-	-	-
obs	0.27441	72697	84.94 %	-
all	-	85586	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24307	0	61	0	24368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	24824
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.979	33662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.752	5	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	18894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	12366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.08	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.597	1.5	15688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.112	2	25197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.015	3	9136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.912	4.5	8465
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.421	202
R_work	0.366	4407

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5123	0.0964	-0.1521	0.4911	0.0944	1.1116	0.0656	-0.0028	-0.1823	0.1696	-0.088	0.0751	0.0159	-0.0636	0.0224	0.2546	-0.0908	0.0877	0.1273	-0.1474	0.1723	39.467	84.457	52.708
2	-0.509	0.1562	-1.772	1.1723	-0.209	4.1419	-0.1158	0.1998	-0.0596	-0.433	0.2044	-0.3459	-0.1271	-0.1755	-0.0886	0.3856	0.0001	0	0.3857	0	0.3857	51.454	104.26	-3.577
3	2.5737	3.792	-3.9488	4.465	1.3871	6.4867	0.0488	0.3347	0.288	0.0178	0.2098	-0.3694	-0.1817	-0.1636	-0.2586	0.3857	0	0	0.3856	0	0.3857	67.531	127.908	16.347
4	0.7928	-4.2818	-2.3179	4.0858	1.1671	1.6528	0.0611	-0.1458	0.0613	-0.3283	-0.5161	-0.0394	0.36	0.486	0.4549	0.3856	-0.0001	0	0.3856	-0.0001	0.3857	50.111	62.777	9.768
5	5.0502	1.8783	-2.5031	0.7443	0.4053	2.2723	-0.1911	0.3565	-0.0972	-0.5728	0.2962	-0.1763	0.1548	0.083	-0.1051	0.3857	0	0	0.3857	0	0.3857	90.847	76.643	25.065
6	94.281	-14.7795	4.1653	97.6752	-8.8398	139.8808	-0.7065	-0.8485	1.5602	0.4211	0.443	0.3224	-0.9824	-2.7672	0.2635	0.3866	-0.0005	0	0.3862	0.0001	0.3856	119.867	105.059	-9.493
7	94.8468	2.5805	7.2469	74.9577	-7.7621	72.6043	0.1719	2.1355	1.2132	-1.0685	-0.3664	2.6367	-0.7785	-0.7719	0.1945	0.386	-0.0007	0.0012	0.3854	0.0001	0.3861	131.2	96.491	-26.325
8	24.2901	6.882	10.8757	20.6842	6.5009	36.5628	0.2702	0.165	-0.1043	0.4587	-0.1269	0.586	-0.6412	-0.5357	-0.1434	0.3857	0.0001	-0.0002	0.3858	0.0001	0.3858	151.102	113.59	-43.414
9	32.999	6.5423	-13.2531	27.2556	12.61	53.4857	0.7509	-1.1792	1.2427	-0.2914	-0.9429	0.6792	-1.2014	0.2057	0.192	0.386	0.0001	-0.0002	0.3859	-0.0001	0.3859	132.529	92.93	1.218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	4 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 21
4	X-RAY DIFFRACTION	1	C	131 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	1	C	325 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	1	C	393 - 704
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	829 - 1057
8	X-RAY DIFFRACTION	1	D	620 - 1240
9	X-RAY DIFFRACTION	1	J	1253 - 1435
10	X-RAY DIFFRACTION	1	J	1460 - 1501
11	X-RAY DIFFRACTION	1	K	1 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1525
13	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1120
14	X-RAY DIFFRACTION	2	C	22 - 130
15	X-RAY DIFFRACTION	2	C	336 - 392
16	X-RAY DIFFRACTION	3	C	142 - 324
17	X-RAY DIFFRACTION	4	C	705 - 828
18	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1058 - 1114
19	X-RAY DIFFRACTION	5	D	3 - 162
20	X-RAY DIFFRACTION	5	D	451 - 619
21	X-RAY DIFFRACTION	5	J	1436 - 1459
22	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1526
23	X-RAY DIFFRACTION	6	D	164 - 208
24	X-RAY DIFFRACTION	6	D	389 - 397
25	X-RAY DIFFRACTION	7	D	209 - 216
26	X-RAY DIFFRACTION	7	D	340 - 388
27	X-RAY DIFFRACTION	8	D	217 - 339
28	X-RAY DIFFRACTION	9	D	398 - 450

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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