PDB-1y6u: The Structure of the Excisionase (Xis) Protein from Conjugative T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y6u

タイトル

The Structure of the Excisionase (Xis) Protein from Conjugative Transposon Tn916 Provides Insights into the Regulation of Heterobivalent Tyrosine Recombinases

要素

Excisionase from transposon Tn916

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA architectural protein / Tyrosine recombinase / Excisionase / Winged-helix protein / Conjugative transposon

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA integration / DNA recombination
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

溶液NMR / Hybrid distance geometry, simulated annealing calculations

データ登録者

Abbani, M. / Iwahara, M. / Clubb, R.T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structure of the excisionase (xis) protein from conjugative transposon tn916 provides insights into the regulation of heterobivalent tyrosine recombinases
著者: Abbani, M. / Iwahara, M. / Clubb, R.T.

履歴

登録	2004年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y6u.cif.gz	402.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y6u.ent.gz	334 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/1y6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/1y6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pno-d 3a9f-2 5god-2 6v2h-4 4rcc-d 3zow-1 2mte-d 6lqe-d 5goc-2 4cc3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Excisionase from transposon Tn916

8.39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Excisionase from transposon Tn916 / xis 分子量: 8389.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: xis / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RJ3386 (BL21-DE3) / 参照: UniProt: Q79DA1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	4D 13C/15N-separated NOESY
1	4	1	HNCA-J
1	5	1	HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM 15N/13C labeled Xis, 30 mM NaOAc, 60 mM NaCl, 93% H2O, 7% D2O 溶媒系: 30 mM NaOAc, pH 4.5, 60 mM NaCl, 93% H2O, 7% D2O
試料状態	イオン強度: 60 mM NaCl / pH: 4.5 / 圧: Ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR	2.6	collection
X-PLOR	3.1	解析
NMRPipe	sgi6x	解析
PIPP	4.3.5	データ解析
XPLOR-NIH		精密化

精密化

手法: Hybrid distance geometry, simulated annealing calculations
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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