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- PDB-1xkp: Crystal structure of the virulence factor YopN in complex with it... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xkp
タイトルCrystal structure of the virulence factor YopN in complex with its heterodimeric chaperone SycN-YscB
要素
  • Chaperone protein sycN
  • Chaperone protein yscB
  • putative membrane-bound Yop targeting protein YopN
キーワードMEMBRANE PROTEIN/chaperon / YopN / Type III secretion / chaperone / SycN / YscB / MEMBRANE PROTEIN-chaperon COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / negative regulation of protein secretion / cell outer membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #670 / Type III secretion system chaperone SycN / Type III secretion system chaperone YscB / Type III secretory system chaperone SycN / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #670 / Type III secretion system chaperone SycN / Type III secretion system chaperone YscB / Type III secretory system chaperone SycN / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chaperone protein SycN / Outer membrane protein YopN / Chaperone protein YscB
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schubot, F.D. / Jackson, M.W. / Penrose, K.J. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Plano, G.V. / Waugh, D.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Three-dimensional structure of a macromolecular assembly that regulates type III secretion in Yersinia pestis.
著者: Schubot, F.D. / Jackson, M.W. / Penrose, K.J. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Plano, G.V. / Waugh, D.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: A pivotal role for reductive methylation in the de novo crystallization of a ternary complex composed of Yersinia pestis virulence factors YopN, SycN and YscB
著者: Schubot, F.D. / Waugh, D.S.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative membrane-bound Yop targeting protein YopN
B: Chaperone protein sycN
C: Chaperone protein yscB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9053
ポリマ－57,9053
非ポリマー00
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.718, 60.718, 140.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 putative membrane-bound Yop targeting protein YopN


分子量: 27741.438 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-277 / 変異: deleted N-terminal 31 and C-terminal 16 residues / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yopN / プラスミド: pDest42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 3822072, UniProt: P68640*PLUS
#2: タンパク質 Chaperone protein sycN


分子量: 13770.975 Da / 分子数: 1 / 変異: P123S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: sycN / プラスミド: pDest42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61380
#3: タンパク質 Chaperone protein yscB / Yop proteins translocation protein B


分子量: 16392.154 Da / 分子数: 1 / 変異: C-terminal His-Tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yscB / プラスミド: pDest42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q56973
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %

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データ収集

検出器日付: 2003年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→60.86 Å / Num. obs: 55724

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→60.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.392 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -1 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24197 2791 5.1 %RANDOM
Rwork0.19839 ---
all0.20059 52879 --
obs0.20059 51811 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→60.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3773 0 0 179 3952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4942.025189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.53138575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9855474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69425.179168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97315623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.161524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.23769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1010.22431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2591.53073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2471.5970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45923822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42731585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6564.51367
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 176 -
Rwork0.287 3077 -
obs--79.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9942-2.1704-0.40154.7728-0.82710.79680.09990.2106-0.0666-0.1261-0.17960.05060.01190.16130.07970.057-0.02440.004-0.0302-0.0845-0.142945.284-28.64472.924
22.8009-2.16160.06912.53280.05961.6369-0.1548-0.21430.01830.09810.1676-0.00370.113-0.1134-0.0128-0.0029-0.0102-0.0067-0.0228-0.0309-0.135641.453-23.33779.348
32.0077-0.54760.28070.619-0.18360.7883-0.0678-0.0837-0.2383-0.00950.0611-0.03280.0380.02640.0066-0.02290.0280.00660.0405-0.0272-0.06660.3147.3175.558
41.6438-0.0808-0.19884.8972-0.34760.86360.0973-0.0922-0.0793-0.0429-0.0860.3709-0.0455-0.1814-0.0113-0.10790.0422-0.04020.1209-0.0113-0.129226.759-5.91775.74
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA32 - 571 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1212 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3AA65 - 26934 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4CC2 - 1272 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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