[日本語] English
万見
- PDB-1wbl: WINGED BEAN LECTIN COMPLEXED WITH METHYL-ALPHA-D-GALACTOSE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wbl
タイトルWINGED BEAN LECTIN COMPLEXED WITH METHYL-ALPHA-D-GALACTOSE
要素WINGED BEAN LECTIN
キーワードLECTIN / LEGUME LECTIN / GLYCOSYLATED PROTEIN / BLOOD GROUP SPECIFICITY / QUATERNARY ASSOCIATION / AGGLUTININ
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-galactopyranoside / : / Basic agglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Prabu, M.M. / Sankaranarayanan, R. / Puri, K.D. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Carbohydrate specificity and quaternary association in basic winged bean lectin: X-ray analysis of the lectin at 2.5 A resolution.
著者: Prabu, M.M. / Sankaranarayanan, R. / Puri, K.D. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of the Basic Lectin from Winged Bean (Psophocarpus Tetragonolobus)
著者: Sankaranarayanan, R. / Puri, K.D. / Ganesh, V. / Banerjee, R. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録1997年4月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: WINGED BEAN LECTIN
B: WINGED BEAN LECTIN
C: WINGED BEAN LECTIN
D: WINGED BEAN LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,88123
ポリマ－106,0224
非ポリマー4,85819
水9,836546
1
A: WINGED BEAN LECTIN
B: WINGED BEAN LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,57912
ポリマ－53,0112
非ポリマー2,56810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: WINGED BEAN LECTIN
D: WINGED BEAN LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,30111
ポリマ－53,0112
非ポリマー2,2909
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.585, 91.908, 73.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0862, -0.773, 0.6285), (-0.8088, -0.4227, -0.4088), (0.5817, -0.4731, -0.6617)95.9641, 117.4072, -18.6252
2given(-0.7144, 0.6857, -0.1395), (0.6856, 0.6461, -0.3353), (-0.1398, -0.3352, -0.9317)154.5275, -52.0396, 60.9444
3given(-0.6795, 0.3288, -0.6559), (-0.664, -0.656, 0.3589), (-0.3122, 0.6793, 0.6641)167.5327, 97.4342, 29.0241

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
WINGED BEAN LECTIN / WINGED BEAN BASIC AGGLUTININ


分子量: 26505.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Psophocarpus tetragonolobus (マメ科) / 参照: UniProt: O24313

-
糖 , 3種, 11分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-AMG / methyl alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE / methyl alpha-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGalp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 554分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY SITTING DROP METHOD IN WHICH 25 MICROLITERS OF AN 80 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 0.02M PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.0, CONTAINING 0.15M SODIUM CHLORIDE, 0.025 (W/V) SODIUM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY SITTING DROP METHOD IN WHICH 25 MICROLITERS OF AN 80 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 0.02M PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.0, CONTAINING 0.15M SODIUM CHLORIDE, 0.025 (W/V) SODIUM NITRITE, 20 TIMES MOLAR EXCESS OF METHYL-ALPHA-D-GALACTOSE AND 6 TO 7.5% (W/V) PEG8000 WAS EQUILIBRATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE WITH A RESERVOIR SOLUTION OF 40% PEG8000 IN THE SAME BUFFER., vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
180 mg/mlprotein1drop
20.02 Mphosphate1drop
30.15 M1dropNaCl
40.025 %(w/v)1dropNaN3
520 Mmethyl-alpha-D-galactopyranoside1drop
66-7.5 %(w/v)PEG80001drop
740 %PEG80001reservoir
80.02 Mphosphate1reservoir
90.15 M1reservoirNaCl
100.025 %(w/v)1reservoirNaN3
1120 Mmethyl-alpha-D-galactopyranoside1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年10月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.43→12.63 Å / Num. obs: 29837 / % possible obs: 77.3 % / 冗長度: 2.24 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.49→2.65 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / % possible all: 40
反射
*PLUS
Num. measured all: 50842
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 39.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化開始モデル: ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN (FOR MOLECULAR REPLACEMENT)

解像度: 2.5→100 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1373 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 29837 77.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7287 0 306 546 8139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4712 90 5.5 %
Rwork0.3459 1636 -
obs--39.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM1.CHOTOPH1.CHO
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る