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万見
- PDB-1w0h: Crystallographic structure of the nuclease domain of 3'hExo, a DE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w0h
タイトルCrystallographic structure of the nuclease domain of 3'hExo, a DEDDh family member, bound to rAMP
要素3'-5' EXONUCLEASE ERI1
キーワードHYDROLASE / NUCLEASE DOMAIN / NUCLEASE / EXONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / exoribonuclease II / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding ...histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / exoribonuclease II / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / rRNA binding / nucleolus / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / SAP domain superfamily / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain ...: / : / SAP domain superfamily / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 3'-5' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Cheng, Y. / Patel, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic Structure of the Nuclease Domain of 3'Hexo, a Deddh Family Member, Bound to Ramp
著者: Cheng, Y. / Patel, D.
履歴
登録2004年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'-5' EXONUCLEASE ERI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5504
ポリマ－24,1551
非ポリマー3963
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.600, 101.600, 100.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2155-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3'-5' EXONUCLEASE ERI1 / ERI-1 HOMOLOG / PROTEIN 3'HEXO


分子量: 24154.641 Da / 分子数: 1 / 断片: NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 122-321 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RAMP / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PGBO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IV48, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RNA EXONUCLEASE THAT BINDS TO THE 3' END OF HISTONE MRNAS WITH A POSSIBLE ROLE IN THEIR DEGRADATION.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.964
検出器日付: 2004年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→20 Å / Num. obs: 40933 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.59→20 Å / SU B: 1.228 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.077
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2063 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 38822 99.29 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 25 371 2038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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