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- PDB-1tz0: Crystal Structure of Putative Antibiotic Biosythesis Monooxygenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tz0
タイトルCrystal Structure of Putative Antibiotic Biosythesis Monooxygenase from Bacillus cereus
要素hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein Structure Initiative / MCSG / Hypothetical Protein / Bacillus cereus / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / ABM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kim, Y. / Lezondra, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Protein APC24875 from Bacillus cereus
著者: Kim, Y. / Lezondra, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS NOT NECESSARILY THE CONTENT OF THE ASYMMETRIC UNIT. THEY FOUND THAT OTHER STRUCTURES, HOMOLOGOUS TO THIS STRUCTURE FORM DIMERS. THIS STRUCTURE FORMS A SIMILAR DIMER AS WELL AS AN ASYMMETRIC TRIMER WHICH SEEMS INTIMATE ENOUGH. FOR THESE REASONS AUTHORS STATE STRUCTURE AS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
C: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5995
ポリマ－39,4913
非ポリマー1082
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.894, 86.080, 42.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-592-

HOH

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 13163.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
生物種: Bacillus cereus / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q81C15
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium Formate, Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793, 0.9794, 0.954
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97941
30.9541
反射解像度: 1.84→40 Å / Num. all: 40217 / Num. obs: 38958 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3690 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
SBC-Collectデータ収集
CrystalClearD*TRECK (MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.84→37.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.152 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26073 3841 10 %RANDOM
Rwork0.20398 ---
all0.2096 34428 --
obs0.20962 34428 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å2-0.43 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----0.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.145 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→37.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 7 417 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.9233440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77335319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4445301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.22546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3110.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.51511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72322445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25931047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6974.5995
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.836→1.884 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.349 238
Rwork0.303 2063
obs-2063

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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