PDB-1se8: Structure of single-stranded DNA-binding protein (SSB) from D. ra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1se8

タイトル

Structure of single-stranded DNA-binding protein (SSB) from D. radiodurans

要素

Single-strand binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Single-strand binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA recombination / DNA repair / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bernstein, D.A. / Eggington, J.M. / Killoran, M.P. / Misic, A.M. / Cox, M.M. / Keck, J.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Deinococcus radiodurans single-stranded DNA-binding protein suggests a mechanism for coping with DNA damage.
著者: Bernstein, D.A. / Eggington, J.M. / Killoran, M.P. / Misic, A.M. / Cox, M.M. / Keck, J.L.

履歴

登録	2004年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1se8.cif.gz	57.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1se8.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1se8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1se8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1se8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7b1r-1 5v3j-1 7o2n-1 5v3j-2 4mwb-1 1pwe-7 6urc-3 4eg8-1 6ob5-1 6i7k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-strand binding protein

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Single-strand binding protein

登録者が定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.347, 63.476, 54.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Dimer. Two monomers are related by a two-fold symmetry axis

#1: タンパク質	Single-strand binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein 分子量: 33183.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: SSB, DR0099 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9RY51
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 200, PEG 4000, Sodium Acetate, Potassium Chloride, TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9795, 0.9568

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月18日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9568	1

反射

解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 28039 / Num. obs: 28011 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / R_sym value: 0.061

反射シェル

解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / R_sym value: 0.418 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 2.462 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1380	5 %	RANDOM
R_work	0.21714	-	-	-
all	0.233	-	-	-
obs	0.21789	27637	98.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.498 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.26 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1682	0	0	186	1868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.976	1.947	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.908	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.304	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.113	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.79	1.5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.561	2	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.775	3	658
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.119	4.5	630

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.326	89
R_work	0.296	1859

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3818	-0.0888	-0.5578	1.1575	0.4467	2.5875	-0.0139	-0.0132	-0.002	-0.1419	-0.0464	-0.0138	0.0859	-0.0678	0.0603	0.0821	0.0017	0.0128	0.0858	0.0057	0.0482	-4.2502	52.628	10.7295
2	1.8501	-0.5793	0.0466	1.3917	0.4069	2.4155	-0.072	0.0951	-0.0508	-0.2082	0.0381	-0.073	0.1652	-0.1014	0.0339	0.0937	-0.0107	0.0071	0.0783	-0.0095	0.0102	-4.1929	51.9642	10.4643
3	1.2321	0.1894	0.2211	0.6436	-0.1294	0.7435	0.03	0.0122	-0.0729	-0.0523	0.0088	-0.2032	-0.0133	-0.0573	-0.0388	0.061	0.0057	0.009	0.0418	0.0012	0.1023	4.9715	57.3545	20.9593
4	1.2645	-0.0912	-0.2358	2.6166	-0.1595	6.7888	0.0367	-0.0607	0.0566	-0.0416	0.0449	-0.2623	-0.1794	0.5827	-0.0815	0.0008	-0.0019	0.0089	0.1091	-0.0022	0.0968	6.8903	60.618	25.7412
5	0.8324	0.056	-0.0057	0.6838	-0.0802	0.3577	0.0237	0.0218	0.0067	-0.075	-0.0567	-0.0627	0.0123	-0.035	0.033	0.0786	0.0236	0.0193	0.0773	-0.0001	0.0755	1.32	57.2459	17.5569

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	302 - 487

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関連情報:EMDBヘッダ

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