ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.1.24精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.462 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.232 | 1380 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.21714 | - | - | - |
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all | 0.233 | - | - | - |
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obs | 0.21789 | 27637 | 98.67 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.498 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.07 Å2 | 0 Å2 | 0.26 Å2 |
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2- | - | -0.38 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.6 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1682 | 0 | 0 | 186 | 1868 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.012 | 0.021 | 1706 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg0.976 | 1.947 | 2301 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.908 | 5 | 209 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.07 | 0.2 | 250 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 1305 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.221 | 0.2 | 679 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.16 | 0.2 | 168 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.304 | 0.2 | 46 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.113 | 0.2 | 16 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.79 | 1.5 | 1048 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.561 | 2 | 1671 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.775 | 3 | 658 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.119 | 4.5 | 630 | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 / | Rfactor | 反射数 |
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Rfree | 0.326 | 89 |
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Rwork | 0.296 | 1859 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.3818 | -0.0888 | -0.5578 | 1.1575 | 0.4467 | 2.5875 | -0.0139 | -0.0132 | -0.002 | -0.1419 | -0.0464 | -0.0138 | 0.0859 | -0.0678 | 0.0603 | 0.0821 | 0.0017 | 0.0128 | 0.0858 | 0.0057 | 0.0482 | -4.2502 | 52.628 | 10.7295 | 2 | 1.8501 | -0.5793 | 0.0466 | 1.3917 | 0.4069 | 2.4155 | -0.072 | 0.0951 | -0.0508 | -0.2082 | 0.0381 | -0.073 | 0.1652 | -0.1014 | 0.0339 | 0.0937 | -0.0107 | 0.0071 | 0.0783 | -0.0095 | 0.0102 | -4.1929 | 51.9642 | 10.4643 | 3 | 1.2321 | 0.1894 | 0.2211 | 0.6436 | -0.1294 | 0.7435 | 0.03 | 0.0122 | -0.0729 | -0.0523 | 0.0088 | -0.2032 | -0.0133 | -0.0573 | -0.0388 | 0.061 | 0.0057 | 0.009 | 0.0418 | 0.0012 | 0.1023 | 4.9715 | 57.3545 | 20.9593 | 4 | 1.2645 | -0.0912 | -0.2358 | 2.6166 | -0.1595 | 6.7888 | 0.0367 | -0.0607 | 0.0566 | -0.0416 | 0.0449 | -0.2623 | -0.1794 | 0.5827 | -0.0815 | 0.0008 | -0.0019 | 0.0089 | 0.1091 | -0.0022 | 0.0968 | 6.8903 | 60.618 | 25.7412 | 5 | 0.8324 | 0.056 | -0.0057 | 0.6838 | -0.0802 | 0.3577 | 0.0237 | 0.0218 | 0.0067 | -0.075 | -0.0567 | -0.0627 | 0.0123 | -0.035 | 0.033 | 0.0786 | 0.0236 | 0.0193 | 0.0773 | -0.0001 | 0.0755 | 1.32 | 57.2459 | 17.5569 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A3 - 40 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | A48 - 89 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | A95 - 211 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | A218 - 233 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | A302 - 487 | | | | | |
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