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- PDB-1se8: Structure of single-stranded DNA-binding protein (SSB) from D. ra... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1se8 | ||||||
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Title | Structure of single-stranded DNA-binding protein (SSB) from D. radiodurans | ||||||
![]() | Single-strand binding protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Single-strand binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA recombination / DNA repair / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bernstein, D.A. / Eggington, J.M. / Killoran, M.P. / Misic, A.M. / Cox, M.M. / Keck, J.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Deinococcus radiodurans single-stranded DNA-binding protein suggests a mechanism for coping with DNA damage. Authors: Bernstein, D.A. / Eggington, J.M. / Killoran, M.P. / Misic, A.M. / Cox, M.M. / Keck, J.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 45.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | Dimer. Two monomers are related by a two-fold symmetry axis |
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Components
#1: Protein | Mass: 33183.391 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: SSB, DR0099 / Plasmid: pET / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: PEG 200, PEG 4000, Sodium Acetate, Potassium Chloride, TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2003 | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→20 Å / Num. all: 28039 / Num. obs: 28011 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.6 % / Rsym value: 0.061 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.89 Å / Redundancy: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.498 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→19.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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