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万見
- PDB-1qx2: X-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qx2
タイトルX-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9k Re-engineered to Undergo a Conformational Opening) at 1.44 A Resolution
要素Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
キーワードSIGNALING PROTEIN / EF-Hand (helix-loop-helix) Calcium Binding Protein / Four-helix Domain / Protein Engineering / Calcium-induced Conformational Response / calmodulin / calbindin D9k
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Bunick, C.G. / Nelson, M.R. / Mangahas, S. / Mizoue, L.S. / Bunick, G.J. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Designing Sequence to Control Protein Function in an EF-Hand Protein
著者: Bunick, C.G. / Nelson, M.R. / Mangahas, S. / Hunter, M.J. / Sheehan, J.H. / Mizoue, L.S. / Bunick, G.J. / Chazin, W.J.
履歴
登録2003年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
B: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3298
ポリマ－17,0382
非ポリマー2916
水3,837213
1
A: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5993
ポリマ－8,5191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7305
ポリマ－8,5191
非ポリマー2114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子

A: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3298
ポリマ－17,0382
非ポリマー2916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
4
B: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子

A: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3298
ポリマ－17,0382
非ポリマー2916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z+1/21
Buried area1160 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.540, 62.174, 69.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1014-

HOH

21B-1070-

HOH

詳細The biological unit is the four-helix domain containing a pair of EF-hands. There are two biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal / CABP / Calbindin D9K


分子量: 8518.773 Da / 分子数: 2
変異: L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CALB3 OR S100D / プラスミド: pSV271 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02633
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 550 MME, MES, zinc sulfate, Tris-HCl, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0000, 1.2818, 1.2823, 1.2703
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月17日
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.28181
31.28231
41.27031
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. all: 22435 / Num. obs: 22435 / % possible obs: 94.7 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 1349 / Rsym value: 0.164 / % possible all: 58.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.44→28.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 0.84 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.075
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19358 1164 5.2 %RANDOM
Rwork0.15635 ---
all0.15825 21245 --
obs0.15825 21245 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1173 0 6 213 1392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4652.0281647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44332778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7035149
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.21373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.5758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45621233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1873482
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6654.5414
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.10821240
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.3882219
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.45421228
LS精密化 シェル解像度: 1.444→1.481 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.206 59
Rwork0.173 899
obs-958

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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