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万見
- PDB-1qvr: Crystal Structure Analysis of ClpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qvr
タイトルCrystal Structure Analysis of ClpB
要素ClpB protein
キーワードCHAPERONE / coiled coil / AAA ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #130 / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain ...Helix Hairpins - #130 / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp repeat (R) N-terminal domain / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / AAA domain (Cdc48 subfamily) / Helix Hairpins / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / Special / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, S. / Sowa, M.E. / Watanabe, Y. / Sigler, P.B. / Chiu, W. / Yoshida, M. / Tsai, F.T.F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: The Structure of ClpB: A Molecular Chaperone that Rescues Proteins from an Aggregated State
著者: Lee, S. / Sowa, M.E. / Watanabe, Y. / Sigler, P.B. / Chiu, W. / Yoshida, M. / Tsai, F.T.F.
履歴
登録2003年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ClpB protein
B: ClpB protein
C: ClpB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,68132
ポリマ－289,1573
非ポリマー7,52429
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16390 Å2
ΔGint-388 kcal/mol
Surface area115960 Å2
手法PISA
2
A: ClpB protein
ヘテロ分子

B: ClpB protein
C: ClpB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,68132
ポリマ－289,1573
非ポリマー7,52429
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16130 Å2
ΔGint-396 kcal/mol
Surface area116220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.747, 138.482, 212.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ClpB protein


分子量: 96385.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: CLPB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RA63
#2: 化合物...
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: PEG 4000, sodium acetate, potassium chloride, glycerol, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.6
3100 mM1dropNaCl
410 mM1dropMgCl2
55 %glycerol1drop
65 mMAMPPNP1drop
74 %(w/v)PEG40001reservoir
8200 mMsodium acetate1reservoirpH4.1
9200 mM1reservoirKCl
1020 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9793, 0.9795, 1.0197
シンクロトロンNSLS X2521.072
シンクロトロンCHESS A131.1
検出器
タイプID検出器日付
SBC-21CCD2001年3月16日
BRANDEIS - B42CCD2002年11月12日
ADSC QUANTUM 43CCD2000年11月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 220MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
31.01971
41.0721
51.11
反射解像度: 3→48.04 Å / Num. all: 117313 / Num. obs: 107224 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 110.4 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.8 % / Num. unique all: 2339 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 37.1
反射
*PLUS
最低解像度: 48 Å / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 37.1 % / Rmerge(I) obs: 0.381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→48.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 4803 4.7 %RANDOM
Rwork0.263 ---
all0.265 107224 --
obs0.263 102421 83.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.2842 Å2 / ksol: 0.29751 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 99.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.28 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---4.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.51 Å
Luzzati sigma a0.81 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19287 0 209 0 19496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.992.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 246 3.6 %
Rwork0.457 6585 -
obs--33.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ADP_ANP_XPLOR_PAR2.TXT
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 48 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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