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- PDB-1prz: Crystal structure of pseudouridine synthase RluD catalytic module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1prz
タイトルCrystal structure of pseudouridine synthase RluD catalytic module
要素Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
キーワードLYASE / Pseudouridine synthase / RluD / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / pseudouridine synthesis / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / rRNA processing / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #230 / Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / : / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily ...Helix Hairpins - #230 / Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / : / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D / Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Iannuzzi, P. / Cygler, M. / Matte, A. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the RluD pseudouridine Synthase catalytic module, an enzyme that modifies 23S rRNA and is essential for normal cell growth of Escherichia coli
著者: Sivaraman, J. / Iannuzzi, P. / Cygler, M. / Matte, A.
履歴
登録2003年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2291
ポリマ－29,2291
非ポリマー00
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.261, 76.362, 85.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D / E.C.4.2.1.70 / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase / suppressor of ftsH mutation


分子量: 29229.068 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RLUD or SFHB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: Q8X9F0, UniProt: P33643*PLUS, pseudouridylate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7
詳細: PEG 8000, KCL, Glycerol, pH 7., microbatch under oil, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
114 %(w/v)PEG800012
2550 mM12KCl
312 %glycerol12
414 mg/mlprotein11
520 mMTris-HCl11pH8.
6200 mM11NaCl
710 mMdithiothreitol11
85 %glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 32444 / Num. obs: 32444 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 107285 / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CRYSATLCLEARデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2406 8 %RANDAM
Rwork0.218 ---
all-32444 --
obs-29910 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2021 0 0 294 2315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 45 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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