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万見
- PDB-1mpw: Molecular Recognition in (+)-a-Pinene Oxidation by Cytochrome P450cam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpw
タイトルMolecular Recognition in (+)-a-Pinene Oxidation by Cytochrome P450cam
要素CYTOCHROME P450CAM
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450cam / (+)-Pinene
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / (+)-alpha-Pinene / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Bell, S.G. / Chen, X. / Sowden, R.J. / Xu, F. / Willams, J.N. / Wong, L.-L. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Molecular recognition in (+)-alpha-pinene oxidation by cytochrome P450cam
著者: Bell, S.G. / Chen, X. / Sowden, R.J. / Xu, F. / Williams, J.N. / Wong, L.-L. / Rao, Z.
履歴
登録2002年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年12月31日Group: Non-polymer description
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450CAM
B: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7718
ポリマ－93,1882
非ポリマー1,5846
水1,928107
1
A: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3864
ポリマ－46,5941
非ポリマー7923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3864
ポリマ－46,5941
非ポリマー7923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.903, 62.517, 95.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450CAM / Camphor 5-monooxygenase


分子量: 46593.879 Da / 分子数: 2 / 変異: F87W/Y96F/V247L/C334A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 細胞株 (発現宿主): JM109
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-TMH / (+)-alpha-Pinene / (+)-3,6,6-TRIMETHYLBICYCLO[3.1.1]HEPT-2-ENE / (+)-α-ピネン


分子量: 136.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, sodium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMcacodylate1droppH6.5
2200 mM1dropKCl
38 mg/mlprotein1drop
430 %PEG80001reservoir
5100 mMcacodylate1reservoirpH6.5
6200 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月14日
放射モノクロメーター: Osmic Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→41.28 Å / Num. all: 32999 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Limit h max: 28 / Limit h min: -28 / Limit k max: 26 / Limit k min: -28 / Limit l max: 40 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 242279.83 / Observed criterion F min: 0.55
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
Num. obs: 33002 / % possible obs: 97.1 % / Num. measured all: 300428 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→41.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3187 10 %random
Rwork0.204 ---
all-33719 --
obs-31917 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 22.1476 Å2 / ksol: 0.335132 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 51.65 Å2 / Biso mean: 21.32 Å2 / Biso min: 2.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.86 Å20 Å21.85 Å2
2---3.68 Å20 Å2
3----0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.23 Å
Luzzati d res high-2.34
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→41.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6420 0 108 107 6635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.48
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.34-2.440.2453418.20.24633220.0134174366387.8
2.44-2.570.2263728.90.22834760.0124192384891.8
2.57-2.730.2364039.60.23934770.0124183388092.8
2.73-2.950.2314009.50.2335960.0124224399694.6
2.95-3.240.2294069.70.22636000.0114191400695.6
3.24-3.710.2194159.80.21437060.0114219412197.7
3.71-4.670.171424100.16837360.0084227416098.4
4.67-41.280.1624269.80.16838170.0084340424397.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4hem.paramhem.top
X-RAY DIFFRACTION5pp.parampp.top
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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