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- PDB-1lti: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN (LT-I) COMPLEX WITH T-ANTIGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lti
タイトルHEAT-LABILE ENTEROTOXIN (LT-I) COMPLEX WITH T-ANTIGEN
要素(HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE ...) x 3
キーワードENTEROTOXIN / ADP-RIBOSYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / beta-D-galactopyranose / Heat-labile enterotoxin A chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Van Den Akker, F. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Tumor marker disaccharide D-Gal-beta 1, 3-GalNAc complexed to heat-labile enterotoxin from Escherichia coli.
著者: van den Akker, F. / Steensma, E. / Hol, W.G.
履歴
登録1996年5月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
E: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
F: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
G: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
H: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
A: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
C: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,83111
ポリマ－86,9077
非ポリマー9244
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 100.500, 64.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE AB5 TOXIN HEXAMER. THE A SUBUNIT CONTAINS TWO FRAGMENTS LINKED BY A DISORDERED LOOP. THESE 2 FRAGMENTS ARE CONVENTIONALLY REFERRED TO AS A1 AND A2, WHICH ARE LABELED AS CHAINS A AND C IN THIS COORDINATE SET. FRAGMENT A1 AND A2 ARE COVALENTLY LINKED IN THE LATENT TOXIN AND ARE PROTEOLYTICALLY CLEAVED UPON ACTIVATION.

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要素

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HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE ... , 3種, 7分子 DEFGHAC

#1: タンパク質
HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I / LT-I


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT/INACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE ENTEROTOXIGENIC K12 / プラスミド: EWD299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P32890
#2: タンパク質 HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I / LT-I


分子量: 22086.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT/INACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE ENTEROTOXIGENIC K12 / プラスミド: EWD299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P06717
#3: タンパク質・ペプチド HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE I / LT-I


分子量: 5783.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT/INACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE ENTEROTOXIGENIC K12 / プラスミド: EWD299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P06717

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糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 183分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細D-GALACTOSE-BETA1,3-N-ACETYL-GALACTOSAMINE (GAL-BETA1, 3GALNAC) IS THE DISACCHARIDE PART OF THE ...D-GALACTOSE-BETA1,3-N-ACETYL-GALACTOSAMINE (GAL-BETA1, 3GALNAC) IS THE DISACCHARIDE PART OF THE THOMSEN FRIEDENREICH TUMOR ANTIGEN, OR T-ANTIGEN (D-GAL-BETA1, 3GALNAC-ALPHA-SER/THR). THE T-ANTIGEN IS ALSO THE TERMINAL DISACCHARIDE IN THE NATURAL GM1 (GAL-BETA1, 3GALNAC-BETA1-(NEU5AC-ALPHA2,3)-4-GAL-BETA1,4GLC-CERAMIDE) GANGLIOSIDE RECEPTOR FOR THE TOXIN.
配列の詳細SUBUNIT NUMBERING SCHEME: SUBUNIT CHAIN PROTEIN SEQUENCE A1 A 4 - 188 A2 C 196 - 236 B#1 D 1 - 103 ...SUBUNIT NUMBERING SCHEME: SUBUNIT CHAIN PROTEIN SEQUENCE A1 A 4 - 188 A2 C 196 - 236 B#1 D 1 - 103 B#2 E 1 - 103 B#3 F 1 - 103 B#4 G 1 - 103 B#5 H 1 - 103 WATER W 1 - 183 GALACTOSE D 104 GALACTOSE E 104 GALACTOSE G 104 N-ACETYL GALACTOSAMINE G 105 GALACTOSE H 104

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化手法: liquid - liquid diffusion / pH: 7.5
詳細: LIQUID-LIQUID DIFFUSION CAPILLARY CONTAINS: 0.1M TRIS PH 7.5, 0.1M NACL, 0.001M EDTA, 0.02% SODIUM AZIDE, 4.5 MG/ML LT-I, 0.025M LACTOSE AND 5% PEG 6000. CRYSTAL WAS SOAKED FOR 1 DAY IN ...詳細: LIQUID-LIQUID DIFFUSION CAPILLARY CONTAINS: 0.1M TRIS PH 7.5, 0.1M NACL, 0.001M EDTA, 0.02% SODIUM AZIDE, 4.5 MG/ML LT-I, 0.025M LACTOSE AND 5% PEG 6000. CRYSTAL WAS SOAKED FOR 1 DAY IN LACTOSE FREE MOTHER LIQUOR CONTAINING 0.1M D-GAL-BETA1,3GALNAC BEFORE DATA COLLECTION., liquid - liquid diffusion
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: three-layer capillary
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlLT11
2100 mMTris11
3200 mM11NaCl
41 mMEDTA11
50.02 %11NaN3
6166 mMlactose12
7100 mMTris12
814 %PEG600013
9100 mMTris13

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→77 Å / Num. obs: 38264 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.13→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 73.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAXISSOFTWAREデータ収集
RAXISSOFTWAREデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.13→8 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 -5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 37447 86.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5978 0 59 183 6220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.96
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 36311 / Num. reflection Rfree: 1932
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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