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万見
- PDB-1kkh: Crystal Structure of the Methanococcus jannaschii Mevalonate Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kkh
タイトルCrystal Structure of the Methanococcus jannaschii Mevalonate Kinase
要素Mevalonate Kinase
キーワードTRANSFERASE / mixed beta sheet / phosphate-binding loop / beta-alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mevalonate kinase, archaeal / Mevalonate kinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain ...Mevalonate kinase, archaeal / Mevalonate kinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Mevalonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yang, D. / Shipman, L.W. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of the Methanococcus jannaschii mevalonate kinase, a member of the GHMP kinase superfamily.
著者: Yang, D. / Shipman, L.W. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2001年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER, WHICH CAN NOT BE MADE BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonate Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9423
ポリマ－35,7661
非ポリマー1762
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.138, 44.028, 64.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mevalonate Kinase


分子量: 35765.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q58487, mevalonate kinase
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Dioxane, Tris, DTT, magnesium, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-15 mg/mlprotein1drop
25 mMTris1drop
310 mMdithiothreitol1droppH8.0
428 %dioxane1reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 121 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9611, 0.9792, 0.9794, 0.9919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96111
20.97921
30.97941
40.99191
反射解像度: 2.4→19.92 Å / Num. obs: 11633 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 79.4
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.4 % / Rmerge(I) obs: 0.126

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1063634.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1173 10.3 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.228 11399 --
obs-11399 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5131 Å2 / ksol: 0.314649 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å26.27 Å2
2---7.47 Å20 Å2
3---4.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2506 0 12 92 2610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 155 10.1 %
Rwork0.221 1386 -
obs--75.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DIO.PARDIO.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 19.9 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.642
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.912.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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