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- PDB-1jtz: CRYSTAL STRUCTURE OF TRANCE/RANKL CYTOKINE. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jtz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRANCE/RANKL CYTOKINE.
要素TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 11
キーワードCYTOKINE / TUMOR NECROSIS FACTOR SUPERFAMILY MEMBER / JELLYROLL / BETA-SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / paracrine signaling / osteoclast development / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / mammary gland epithelial cell proliferation / monocyte chemotaxis / mammary gland alveolus development / lymph node development / bone resorption / calcium ion homeostasis / JNK cascade / ossification / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / animal organ morphogenesis / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / bone development / positive regulation of T cell activation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the TRANCE/RANKL cytokine reveals determinants of receptor-ligand specificity
著者: Lam, J. / Nelson, C.A. / Ross, F.P. / Teitelbaum, S.L. / Fremont, D.H.
履歴
登録2001年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 11
Y: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 11
Z: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1693
ポリマ－57,1693
非ポリマー00
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.300, 82.000, 99.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TRIMER WHICH COMPRISES THE ASYMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 11 / TNF-RELATED ACTIVATION-INDUCED CYTOKINE / TRANCE / RECEPTOR ACTIVATOR OF NF-KAPPA-B LIGAND / RANKL ...TNF-RELATED ACTIVATION-INDUCED CYTOKINE / TRANCE / RECEPTOR ACTIVATOR OF NF-KAPPA-B LIGAND / RANKL / OSTEOCLAST DIFFERENTIATION FACTOR / ODF / OSTEOPROTEGERIN LIGAND / OPGL / TNFSF11


分子量: 19056.359 Da / 分子数: 3
断片: C-TERMINAL RECEPTOR-BINDING ECTODOMAIN, Residues 156-316
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RANKL / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O35235
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11-14% PEG 4000, 16 mM calcium chloride, 80 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropNaCl
320 mMTris-HCl1drop
480 mMHEPES1reservoir
516 mM1reservoirCaCl2
611-14 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月4日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 191355 / Num. obs: 16705 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 70.2 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 191355 / Rmerge F obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.449

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHIMERA OF PDB ENTRIES 1TNR (CHAIN A) AND 1D4V (CHAIN B)

1tnr

1d4v


解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 53633.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: The following residues were included in 5 groups NCS GROUP 1:162-171,180-223,235-244,252-263,269-316 NCS GROUP 2:172-179 NCS GROUP 3:224-233 NCS GROUP 4:245-251 NCS GROUP 5:264-268 NOTES: ...詳細: The following residues were included in 5 groups NCS GROUP 1:162-171,180-223,235-244,252-263,269-316 NCS GROUP 2:172-179 NCS GROUP 3:224-233 NCS GROUP 4:245-251 NCS GROUP 5:264-268 NOTES: Residues included in groups 1-5 (RMS for monomer X versus monomer Y) is identical to groups 6-10 (RMS for monomer X versus monomer Z)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 781 4.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 16018 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.7347 Å2 / ksol: 0.260869 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.16 Å20 Å20 Å2
2--19.96 Å20 Å2
3----13.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3684 0 0 147 3831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11NCS CONSTRAINED USING FIVE GROUPSX-RAY DIFFRACTION0.3510
22GROUPS 1-5 RMS FOR X COMPARED TO YX-RAY DIFFRACTION0.84912
33GROUPS 6-10 RMS FOR X COMPARED TO ZX-RAY DIFFRACTION1.12522
44X-RAY DIFFRACTION1.11332
55X-RAY DIFFRACTION1.62532
66X-RAY DIFFRACTION0.326910
77X-RAY DIFFRACTION0.88172
88X-RAY DIFFRACTION0.78022
99X-RAY DIFFRACTION0.7382
1010X-RAY DIFFRACTION1.47712
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 93 5 %
Rwork0.39 1765 -
obs--89.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 69 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.44 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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