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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1inj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE APO FORM OF 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL (CDP-ME) SYNTHETASE (YGBP) INVOLVED IN MEVALONATE INDEPENDENT ISOPRENOID BIOSYNTHESIS | ||||||
要素 | 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL SYNTHETASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / YGBP / CYTIDYLYLTRANSFERASE / DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE PATHWAY (DXP) / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS / APO FORM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Richard, S.B. / Bowman, M.E. / Kwiatkowski, W. / Kang, I. / Chow, C. / Lillo, A. / Cane, D.E. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure of 4-diphosphocytidyl-2-C- methylerythritol synthetase involved in mevalonate- independent isoprenoid biosynthesis. 著者: Richard, S.B. / Bowman, M.E. / Kwiatkowski, W. / Kang, I. / Chow, C. / Lillo, A.M. / Cane, D.E. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1inj.cif.gz | 64.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1inj.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1inj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/1inj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/1inj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25772.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ISPD / プラスミド: PHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46893, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, CALCIUM ACETATE, MAGNESIUM CHLORIDE, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月6日 / 詳細: double crystal monochromator |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→90 Å / Num. all: 33935 / Num. obs: 30652 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rsym value: 2.6 / Net I/σ(I): 32.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Num. unique all: 880 / Rsym value: 26.8 / % possible all: 51.8 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.026 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1I52 解像度: 1.55→33.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1135780.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1135780.99 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.79 Å2 / ksol: 0.3589 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→33.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.321 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.304 |