PDB-1ija: Structure of Sortase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ija

タイトル

Structure of Sortase

要素

Sortase

キーワード

PROTEIN BINDING / Eight stranded Beta Barrel / Transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / peptide binding / manganese ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Ilangovan, U. / Ton-That, H. / Iwahara, J. / Schneewind, O. / Clubb, R.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of sortase, the transpeptidase that anchors proteins to the cell wall of Staphylococcus aureus.
著者: Ilangovan, U. / Ton-That, H. / Iwahara, J. / Schneewind, O. / Clubb, R.T.

履歴

登録	2001年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ija.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ija.ent.gz	952.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ija.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ija ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ija	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hj7-d 6q5y-1 6ukl-2 4a0q-1 2au9-d 5brj-d 2bea-1 5y5c-2 1t2w-3 6vri-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 48794879 IS THE Chemical Shift Assignments of Sortase

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sortase

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 150	structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Sortase 分子量: 16753.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain (RESIDUES 60-206) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: OS2 / プラスミド: pET9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S446

#1: タンパク質

Sortase

分子量: 16753.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain (RESIDUES 60-206) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: OS2 / プラスミド: pET9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S446

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N edited NOESY
1	2	1	4D 15N/13C edited NOESY
1	3	1	3D 13C edited NOESY
1	4	1	4D 13C/13C edited NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using triple resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: 2.5 mM Sortase 15N,13C; 50 mM Tris (pH 6.2); 20 mM CaCl2; 100 mM NaCl; 3 mM DTT; 93 % H2O; 7 % D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	1.7	Delaglio, F.	解析
NMRView	4.1.3	Johnson, B.A. & Blevins, R.A.	データ解析
X-PLOR	3.843	Brunger, T.A.	構造決定
X-PLOR	3.843	Brunger, T.A.	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2105 experimental restraints, 1852 NOE-derived distance restraints, 195 dihedral angle restraints, 58 Coupling constant restaints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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