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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gy8 | ||||||
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タイトル | Trypanosoma brucei UDP-galactose 4' epimerase | ||||||
![]() | UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / EPIMERASE / GALACTOSE / TRYPANOSOMA BRUCEI | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glycosome / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shaw, M.P. / Bond, C.S. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Udp-Galactose 4'-Epimerase: A Potential Target for Structure-Based Development of Novel Trypanocides 著者: Shaw, M.P. / Bond, C.S. / Roper, J.R. / Gourley, D.G. / Ferguson, M.A.J. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ek6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43806.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED WITH NAD AND UDP, FROM 100M HEPES PH7.0, 14% PEG8000, 200MM KCL, pH 7.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 112132 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.09 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / % possible all: 59.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 417521 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 59.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EK6 解像度: 2→100 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→100 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor Rwork: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.284 |