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- PDB-1gy2: Crystal structure of Met148Leu rusticyanin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gy2
タイトルCrystal structure of Met148Leu rusticyanin
要素RUSTICYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / S86D / M148L / RUSTICYANIN / MUTANT / METAL-BINDING / PERIPLASMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Rusticyanin / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Rusticyanin / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Rusticyanin / Rusticyanin
類似検索 - 構成要素
生物種THIOBACILLUS FERROOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Hough, M.A. / Kanbi, L.D. / Antonyuk, S. / Dodd, F. / Hasnain, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures of the met148Leu and Ser86Asp Mutants of Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans: Insights Into the Structural Relationship with the Cupredoxins and the Multi Copper Proteins.
著者: Kanbi, L.D. / Antonyuk, S. / Hough, M.A. / Hall, J.F. / Dodd, F. / Hasnain, S.
履歴
登録2002年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUSTICYANIN
B: RUSTICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3215
ポリマ－33,1022
非ポリマー2193
水2,450136
1
A: RUSTICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7073
ポリマ－16,5511
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RUSTICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6142
ポリマ－16,5511
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.450, 61.430, 53.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RUSTICYANIN


分子量: 16550.898 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THIOBACILLUS FERROOXIDANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JAQ0, UniProt: P0C918*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION MET180LEU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 30% PEG 8000, 50 MM CITRIC ACID PH 5.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 3.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
210 mMsulphuric acid1droppH3.8
330 %PEG80001reservoir
450 mMcitric acid1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→53.4 Å / Num. obs: 25330 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.84 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94
反射
*PLUS
Num. measured all: 206007
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 % / Mean I/σ(I) obs: 2.96

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RCY

1rcy


解像度: 1.82→53.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2359 9 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 25330 92.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→53.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 8 136 2484
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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