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- PDB-1ggd: CRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA CHYMOTRYPSIN WITH N-ACETYL-LEUCIL-PHEN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA CHYMOTRYPSIN WITH N-ACETYL-LEUCIL-PHENYLALANINE ALDEHYDE BOUND AT THE ACTIVE SITE
要素(GAMMA CHYMOTRYPSIN) x 3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CHYMOTRYPSIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FAF / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Neidhart, D. / Wei, Y. / Cassidy, C. / Lin, J. / Cleland, W.W. / Frey, P.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Correlation of low-barrier hydrogen bonding and oxyanion binding in transition state analogue complexes of chymotrypsin.
著者: Neidhart, D. / Wei, Y. / Cassidy, C. / Lin, J. / Cleland, W.W. / Frey, P.A.
履歴
登録2000年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA CHYMOTRYPSIN
B: GAMMA CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4065
ポリマ－25,0053
非ポリマー4002
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
2
A: GAMMA CHYMOTRYPSIN
B: GAMMA CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子

A: GAMMA CHYMOTRYPSIN
B: GAMMA CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,81110
ポリマ－50,0116
非ポリマー8014
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17850 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
3
A: GAMMA CHYMOTRYPSIN

A: GAMMA CHYMOTRYPSIN

B: GAMMA CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子

B: GAMMA CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,81110
ポリマ－50,0116
非ポリマー8014
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area16320 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.600, 69.600, 97.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-582-

HOH

21B-658-

HOH

31C-652-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質・ペプチド GAMMA CHYMOTRYPSIN


分子量: 996.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 GAMMA CHYMOTRYPSIN


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 GAMMA CHYMOTRYPSIN


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin

-
非ポリマー , 3種, 217分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FAF / 2-ACETYLAMINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID (1-FORMYL-2-PHENYL-ETHYL)-AMIDE


分子量: 304.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, potassium phosphate, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
175 %satammonium sulfate1reservoir
210 mMpotassium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 38043 / Num. obs: 34112 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.184 / % possible all: 55.1
反射
*PLUS
Num. obs: 38043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FRAMBOデータ収集
XDSデータ削減
XCALIBREモデル構築
X-PLOR3.5精密化
XDSデータスケーリング
XCALIBRE位相決定
精密化解像度: 1.5→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Initial coordinates for this structure were derived from the model of G. Cohen et al. (PDB entry 2GCH). Secondary structure elements and sequence data are identical to those of entry 2GCH. ...詳細: Initial coordinates for this structure were derived from the model of G. Cohen et al. (PDB entry 2GCH). Secondary structure elements and sequence data are identical to those of entry 2GCH. RESIDUES ALA 149 and ASN 150 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 3419 -
Rwork0.182 --
all-38043 -
obs-34112 88 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 27 215 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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