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- PDB-1emw: SOLUTION STRUCTURE OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S16 FROM THERMUS THER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1emw
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S16 FROM THERMUS THERMOPHILUS
要素S16 RIBOSOMAL PROTEIN
キーワードRIBOSOME / MIXED ALPHA/BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS16
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Allard, P. / Rak, A.V. / Wimberly, B.T. / Clemons Jr., W.M. / Kalinin, A. / Helgstrand, M. / Garber, M.B. / Ramakrishnan, V. / Hard, T.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Another piece of the ribosome: solution structure of S16 and its location in the 30S subunit.
著者: Allard, P. / Rak, A.V. / Wimberly, B.T. / Clemons Jr., W.M. / Kalinin, A. / Helgstrand, M. / Garber, M.B. / Ramakrishnan, V. / Hard, T.
履歴
登録2000年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S16 RIBOSOMAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4101
ポリマ－10,4101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)47 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11closest to the average

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要素

#1: タンパク質 S16 RIBOSOMAL PROTEIN


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80379

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1S16; U-15N,13C; 50mM phosphate buffer; 200 mM LiCl90% H2O/10% D2O
21.2 mM S16; U-15N; 50mM phosphate buffer; 200 mM LiCl90% H2O/10% D2O
31.6 mM S16; 50mM phosphate buffer; 200 mM LiCl90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.2 M LiCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.3collection
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1283 NOE-derived distance constraints, 47 dihedral angle restraints,31 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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