+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ehz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 A resolution | ||||||
![]() | TRANSFER RNA (PHE) | ||||||
![]() | RNA / tRNA / yeast / phenylalanine | ||||||
機能・相同性 | : / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, H. / Moore, P.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 A resolution: a classic structure revisited 著者: Shi, H. / Moore, P.B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 45.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||
詳細 | The biological assembly is a monomer. |
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: abundant form, purified from the natural mixture by electrophoresis 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: isopropanol, MgCl2, spermine, cacodylate, pH 6 to 7, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS PH range low: 7 / PH range high: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 20604 / Num. obs: 19877 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.3 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.93→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2334 / Rfactor Rfree: 0.253 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |