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万見
- PDB-1d1s: WILD-TYPE HUMAN SIGMA (CLASS IV) ALCOHOL DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1s
タイトルWILD-TYPE HUMAN SIGMA (CLASS IV) ALCOHOL DEHYDROGENASE
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMAN OR DINUCLEOTIDE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


omega-hydroxydecanoate dehydrogenase / omega-hydroxydecanoate dehydrogenase activity / ethanol binding / aldehyde oxidase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / fatty acid omega-oxidation / receptor antagonist activity / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity ...omega-hydroxydecanoate dehydrogenase / omega-hydroxydecanoate dehydrogenase activity / ethanol binding / aldehyde oxidase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / fatty acid omega-oxidation / receptor antagonist activity / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / retinol binding / retinoid metabolic process / response to bacterium / response to ethanol / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie, P.T. / Hurley, T.D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Methionine-141 directly influences the binding of 4-methylpyrazole in human sigma sigma alcohol dehydrogenase.
著者: Xie, P.T. / Hurley, T.D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: X-ray structure of human class IV sigma-sigma alcohol dehydrogenase
著者: Xie, P.T. / Parsons, S.H. / Speckhard, D.C. / Bosron, W.F. / Hurley, T.D.
履歴
登録1999年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
C: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
D: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,04645
ポリマ－159,6974
非ポリマー5,34941
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
ヘテロ分子

D: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,79125
ポリマ－79,8492
非ポリマー2,94223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-342 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
3
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,93426
ポリマ－79,8492
非ポリマー3,08624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-314 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA, PQS
4
C: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
D: ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,11219
ポリマ－79,8492
非ポリマー2,26317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.4, 90.9, 121.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.6, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN / RETINOL DEHYDROGENASE / GASTRIC ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 39924.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40394, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 449分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 MM CACODYLATE, 100 MM ZINC ACETATE, 7.5 MM NAD+, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 8 MG/ML ENZYME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMcacodylate11
2100 mMzinc acetate11
37.5 mMNAD+11
418 %(w/v)PEG600011
58 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 64199 / Num. obs: 58678 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.33 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / % possible all: 76
反射
*PLUS
Num. measured all: 254379
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0.5 / σ(I): 0.5 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 4166 -RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 58662 91.4 %-
all-64199 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11156 0 272 408 11836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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