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- PDB-1cl0: CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED THIOREDOXIN REDUCTASE FROM ESCHERICH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cl0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED THIOREDOXIN REDUCTASE FROM ESCHERICHIA COLI.
要素THIOREDOXIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase complex / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lennon, B.W. / Williams Jr, C.H. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of reduced thioredoxin reductase from Escherichia coli: structural flexibility in the isoalloxazine ring of the flavin adenine dinucleotide cofactor.
著者: Lennon, B.W. / Williams Jr., C.H. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli thioredoxin reductase refined at 2 A resolution. Implications for a large conformational change during catalysis.
著者: Waksman, G. / Krishna, T.S. / Williams Jr., C.H. / Kuriyan, J.
履歴
登録1999年5月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3152
ポリマ－34,5301
非ポリマー7861
水1,964109
1
A: THIOREDOXIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: THIOREDOXIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6314
ポリマ－69,0602
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.298, 121.298, 81.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN REDUCTASE


分子量: 34529.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAD AND ACTIVE SITE DISULFIDE (CYS 135 AND CYS 138) REDUCED BY SODIUM DITHIONITE AFTER CRYSTALLIZATION
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: TRXB-STRAIN / 遺伝子: TRXB / プラスミド: PTRR301 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TRXB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): A326 / 参照: UniProt: P0A9P4, EC: 1.6.4.5
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
219 mM1,12-dodecanedioic acid1drop
350 mMHEPES1reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir
532-40 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 12009 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 82.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TDE

1tde


解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED DISORDERED REGION (RESIDUES 225-230) WAS MODELED STEREOCHEMICALLY. A HYDROGEN BOND PROBABLY EXISTS BETWEEN THE GAMMA SULFURS OF RESIDUES CYS 135 AND CYS 138.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 729 6.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-12009 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 53 109 2558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 96 5.7 %
Rwork0.282 1575 -
obs--82.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_RED1.FADTOPH_RED1.FAD
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.WATTOPH.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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