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- PDB-1bwd: INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE STRB1 FROM STREPTOMYCES GRISEUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bwd
タイトルINOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE STRB1 FROM STREPTOMYCES GRISEUS
要素PROTEIN (INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / AMIDINOTRANSFERASE / STREPTOMYCIN
機能・相同性
機能・相同性情報


scyllo-inosamine-4-phosphate amidinotransferase / scyllo-inosamine-4-phosphate amidinotransferase activity / streptomycin biosynthetic process / glycine amidinotransferase activity / creatine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Glycine/inosamine-phosphate amidinotransferase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosamine-phosphate amidinotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fritsche, E. / Bergner, A. / Humm, A. / Piepersberg, W. / Huber, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of L-arginine:inosamine-phosphate amidinotransferase StrB1 from Streptomyces griseus: an enzyme involved in streptomycin biosynthesis.
著者: Fritsche, E. / Bergner, A. / Humm, A. / Piepersberg, W. / Huber, R.
履歴
登録1998年9月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42019年12月11日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52021年11月3日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE)
B: PROTEIN (INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4772
ポリマ－77,4772
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE)

B: PROTEIN (INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4772
ポリマ－77,4772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_764-x+2,-y+1,z-1/21
Buried area3120 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.300, 121.300, 63.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.850824, 0.453596, -0.265231), (0.441441, -0.343264, 0.829035), (0.285003, -0.822448, -0.492294)
ベクター: -25.3377, 32.2698, 32.6707)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (INOSAMINE-PHOSPHATE AMIDINOTRANSFERASE) / E.C.2.1.4.2 TRANSFERASE / ADT


分子量: 38738.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: STRB1 / プラスミド: PRSET-STRB1 / 遺伝子 (発現宿主): STRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3PLYSS
参照: UniProt: P08078, scyllo-inosamine-4-phosphate amidinotransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 5
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRAT BUFFER (PH 5.0), 0.2 M AMMONIUM ACETATE
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.3 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
31 mMglutathione1drop
40.2 mMEDTA1drop
520 %(w/v)PEG40001reservoir
60.1 Msodium citrate1reservoir
70.2 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 14273 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.144
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rsym value: 0.345 / % possible all: 75.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 37728 / Rmerge(I) obs: 0.144
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.3 % / Rmerge(I) obs: 0.345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1JDW

1jdw


解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 --RANDOM
Rwork0.197 ---
obs-12488 86 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5455 0 0 0 5455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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