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- PDB-1bam: STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI PHASED AT 1.95 ANGSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bam
タイトルSTRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI PHASED AT 1.95 ANGSTROMS RESOLUTION BY MAD ANALYSIS
要素ENDONUCLEASE BamH I
キーワードENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, BamHI / Restriction endonuclease BamHI / Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme BamHI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Aggarwal, A.K. / Newman, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Structure of restriction endonuclease bamhi phased at 1.95 A resolution by MAD analysis.
著者: Newman, M. / Strzelecka, T. / Dorner, L.F. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of Restriction Endonuclease BamHI and its Relationship to EcoRI
著者: Newman, M. / Strzelecka, T. / Dorner, L.F. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1994年12月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
Remark 650HELIX HELIX A6 IS A MIXTURE OF TYPE 1 AND TYPE 5. PRO 164 IN THE MIDDLE OF THE HELIX KINKS IT. ...HELIX HELIX A6 IS A MIXTURE OF TYPE 1 AND TYPE 5. PRO 164 IN THE MIDDLE OF THE HELIX KINKS IT. RESIDUES 159 - 162 FORM AN ALPHA HELIX. RESIDUE 163 - 165 AND 166 - 169 FORM A 3/10 HELIX.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE BamH I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6021
ポリマ－24,6021
非ポリマー00
水2,090116
1
A: ENDONUCLEASE BamH I

A: ENDONUCLEASE BamH I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2052
ポリマ－49,2052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.400, 46.000, 69.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 39

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要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE BamH I


分子量: 24602.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P23940, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mg/mlprotein1drop
20.5 M1dropKCl
320 mM1dropKPO4
41 mMDTT1drop
515 %glycerol1drop
612 %PEG80001drop
70.25 M1dropKCl
80.2 %1dropNaN3
9crushed crystal1drop
1012 %PEG80001reservoir
1120 mM1reservoirKPO4
1210 %glycerol1reservoir
130.5 M1reservoirKCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 14335 / % possible obs: 86.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.19 / Rfactor obs: 0.19 / 最高解像度: 1.95 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1619 0 0 116 1735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor Rfree: 0.297
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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