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- EMDB-71750: In situ microtubule of EpoB-induced regenerating axons -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71750
タイトルIn situ microtubule of EpoB-induced regenerating axons
マップデータsharpened map from local refinement
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule, axonal
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-3 chain
    • タンパク質・ペプチド: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードcytoskeleton / microtubules / neuroregeneration / axon / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / netrin-activated signaling pathway / netrin receptor binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / netrin-activated signaling pathway / netrin receptor binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy / Kinesins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / RHO GTPases activate IQGAPs / Recycling pathway of L1 / dorsal root ganglion development / axonemal microtubule / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / organelle transport along microtubule / Hedgehog 'off' state / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / forebrain morphogenesis / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cerebellar cortex morphogenesis / glial cell differentiation / dentate gyrus development / neuron projection arborization / flagellated sperm motility / MHC class II antigen presentation / response to L-glutamate / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / adult behavior / motor behavior / response to tumor necrosis factor / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / response to mechanical stimulus / sperm flagellum / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / condensed chromosome / neurogenesis / peptide binding / homeostasis of number of cells within a tissue / axon guidance / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / cell periphery / hippocampus development / filopodium / neuromuscular junction / locomotory behavior / intracellular protein transport / recycling endosome / synapse organization / cerebral cortex development / visual learning / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron migration / neuron differentiation / mitotic spindle / myelin sheath / lamellipodium / microtubule cytoskeleton / growth cone / neuron apoptotic process / gene expression / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / axon / neuronal cell body / GTPase activity / synapse / dendrite / GTP binding / protein-containing complex binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Bodakuntla S / Taira K / Yamada Y / Alvarez-Brecht P / Cada AK / Basnet N / Zhang R / Martinez-Sanchez A / Biertumpfel C / Mizuno N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1ZIAHL006264 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: In situ structural mechanism of epothilone-B-induced CNS axon regeneration
著者: Bodakuntla S / Taira K / Yamada Y / Alvarez-Brecht P / Cada AK / Basnet N / Zhang R / Martinez-Sanchez A / Biertumpfel C / Mizuno N
履歴
登録2025年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71750.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map from local refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 549.5 Å		1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 549.5 Å		1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 549.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.1436235 - 2.643172
平均 (標準偏差)0.0050454377 (±0.10371101)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 549.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71750_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map from local refinement

ファイルemd_71750_additional_1.map
注釈map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map from local refinement

ファイルemd_71750_half_map_1.map
注釈half map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map from local refinement

ファイルemd_71750_half_map_2.map
注釈half map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule, axonal

全体名称: Microtubule, axonal
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule, axonal
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-3 chain
    • タンパク質・ペプチド: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Microtubule, axonal

超分子名称: Microtubule, axonal / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: from Epothilone B-induced regenerating explant axons from thalamus primary mouse embryo tissue after axotomy
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Brain / 組織: Thalamus / 細胞中の位置: Axon

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分子 #1: Tubulin beta-3 chain

分子名称: Tubulin beta-3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: TUBB3 component of microtubules / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Brain / 組織: Thalamus
分子量理論値: 50.467492 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDN FIFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKECENCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDN FIFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKECENCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS IHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLA TPTYGDLNHL VSATMSGVTT SL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTARG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVATVF RGR MSMKEV DEQMLAIQSK NSSYFVEWIP NNVKVAVCDI PPRGLKMSST FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE MYEDDDEESE AQGPK

UniProtKB: Tubulin beta-3 chain

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分子 #2: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain

分子名称: Detyrosinated tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: TUBA1A component of microtubules / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Brain / 組織: Thalamus
分子量理論値: 50.188441 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-T...

分子名称: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: EPB
分子量理論値: 507.683 Da
Chemical component information

ChemComp-EPB:
7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE

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分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Gibco Neurobasal Media
グリッドモデル: Quantifoil R1/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: SILICON DIOXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 3.8000000000000003 kPa / 詳細: coated with poly-L-lysine and laminin
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細induced by axotomy in the presence of 1 nM Epothilone B

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 4034 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 / 詳細: curated image number
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.695 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -27.64 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 118551
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 399396 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
詳細: picked in filament tracer with overlapping boxes with a step size of 82.5 Angstrom
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 詳細: seam detection in frealign 9.11
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6dpu


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9pnd:
In situ microtubule of EpoB-induced regenerating axons

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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