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万見
- EMDB-71105: YsxC-GTP treated 44.5SYsxC particles. Class 2. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71105
タイトルYsxC-GTP treated 44.5SYsxC particles. Class 2.
マップデータYsxC-GTP treated 44.5SYsxC particles. Class 2
試料
  • 複合体: 44.5SYsxC particles isolated from YsxC-depleted cells. Class 1.
キーワードRibosome / 44.5S particle / YsxC
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ortega J / Seffouh A
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: YsxC is a placeholder for ribosomal protein uL2 during 50S ribosomal subunit assembly.
著者: Amal Seffouh / Dominic Arpin / Kaustuv Basu / Joaquin Ortega /
要旨: The maturation of the functional core of the 50S ribosomal subunit in Bacillus subtilis is assisted by assembly factors that enhance the efficiency of the process. Two essential assembly factors, the ...The maturation of the functional core of the 50S ribosomal subunit in Bacillus subtilis is assisted by assembly factors that enhance the efficiency of the process. Two essential assembly factors, the GTPases RbgA and YphC, bind at or near the functional sites of the 50S subunit to promote the folding of ribosomal RNA helices that play key functional roles. YsxC is another GTPase involved in the maturation of the 50S subunit, whose function remains unknown. We demonstrate that YsxC aids 50S assembly through a drastically different mechanism. YsxC binds in the body of the 44.5S large ribosome assembly intermediate, occupying the site where uL2 binds and controls the timing in the folding of rRNA helices forming the binding site for uL2. It creates a "primordial" binding site that includes six out of the eleven rRNA helices forming the uL2 mature binding site. Once YsxC is released, uL2 binds to this "primordial" binding site, and the remaining helices that stabilize uL2 fold, and the entire region adopts the mature conformation. This role of YsxC functioning as a placeholder factor for ribosomal protein uL2 provides the first example of such a factor's involvement in the ribosome assembly process in bacteria.
履歴
登録2025年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈YsxC-GTP treated 44.5SYsxC particles. Class 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 383.04 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 383.04 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 383.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.052
最小 - 最大-0.092233 - 0.29600635
平均 (標準偏差)0.0016852495 (±0.012135003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 383.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_71105_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_71105_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 44.5SYsxC particles isolated from YsxC-depleted cells. Class 1.

全体名称: 44.5SYsxC particles isolated from YsxC-depleted cells. Class 1.
要素
  • 複合体: 44.5SYsxC particles isolated from YsxC-depleted cells. Class 1.

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超分子 #1: 44.5SYsxC particles isolated from YsxC-depleted cells. Class 1.

超分子名称: 44.5SYsxC particles isolated from YsxC-depleted cells. Class 1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77681
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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