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- EMDB-65720: Rhinolophus cornutus Bat ACE2 Dimer in Complex with Two Rc-o319 S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65720
タイトルRhinolophus cornutus Bat ACE2 Dimer in Complex with Two Rc-o319 Sarbecovirus Spike RBDs.
マップデータ
試料
  • 複合体: Sarbecovirus Rc-o319 RBD in complex with Rhinolophus cornutus Bat ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードthe complex between sarbecovirus RBD and dimeric ACE2 / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / cilium / apical plasma membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Rc-o319 (ウイルス) / Sarbecovirus (ウイルス) / Rhinolophus cornutus (コキクガシラコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang J / Li ZX / Li ZM / Hang Y / Xiong X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82341085 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The complex between sarbecovirus Rc-o319-RBD and R.cor bat ACE2
著者: Wang J / Xiong X
履歴
登録2025年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.357 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.357 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.357 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84799 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.026
最小 - 最大-0.030834485 - 1.5599554
平均 (標準偏差)0.0011101601 (±0.019993396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 271.35678 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65720_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_65720_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sarbecovirus Rc-o319 RBD in complex with Rhinolophus cornutus Bat ACE2

全体名称: Sarbecovirus Rc-o319 RBD in complex with Rhinolophus cornutus Bat ACE2
要素
  • 複合体: Sarbecovirus Rc-o319 RBD in complex with Rhinolophus cornutus Bat ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Sarbecovirus Rc-o319 RBD in complex with Rhinolophus cornutus Bat ACE2

超分子名称: Sarbecovirus Rc-o319 RBD in complex with Rhinolophus cornutus Bat ACE2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rc-o319 (ウイルス)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (ウイルス) / 株: Rc-o319
分子量理論値: 24.40116 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQPQDTVVR FPNITNLCPF SEVFNATTFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSTSFSTFQ CYGVSSTKLN DLCFTNVYAD SFVVRGDEV RQIAPGQTGV IADYNYKLPD DFTGCVLAWN SRNQDASTSG NFNYYYRIWR SEKLRPFERD IAHYDYQVGT Q FKSSLKNY ...文字列:
RVQPQDTVVR FPNITNLCPF SEVFNATTFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSTSFSTFQ CYGVSSTKLN DLCFTNVYAD SFVVRGDEV RQIAPGQTGV IADYNYKLPD DFTGCVLAWN SRNQDASTSG NFNYYYRIWR SEKLRPFERD IAHYDYQVGT Q FKSSLKNY GFYSSAGDSH QPYRVVVLSF ELLNAPATVC GPKQSTELIK NKCVNF

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Rhinolophus cornutus (コキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 84.844648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGSSWLLLS LVAVTAAQST TEDEAKKFLN DFNSEAENLT YQSSLASWDY NTNISDENVQ KMDEAGAKWS AFYEEQSKIA KNYPLEEIQ TDIVKRQLQI LQQSGSPVLS EDKSKRLNSI LNAMSTIYST GKVCKPNNPQ ECLLLEPGLD NIMGTSKDYH E RLWAWEGW ...文字列:
MSGSSWLLLS LVAVTAAQST TEDEAKKFLN DFNSEAENLT YQSSLASWDY NTNISDENVQ KMDEAGAKWS AFYEEQSKIA KNYPLEEIQ TDIVKRQLQI LQQSGSPVLS EDKSKRLNSI LNAMSTIYST GKVCKPNNPQ ECLLLEPGLD NIMGTSKDYH E RLWAWEGW RAEVGKQLRP LYEEYVVLKN EMARGYHYED YGDYWRRDYE TEESSGPGYS RDQLMKDVDR IFTEIKPLYE HL HAYVRAK LMDTYPLHIS PTGCLPAHLL GDMWGRFWTN LYPLTVPFGQ KPNIDVTDEM VKQGWDANRI FKEAEKFFVS VGL PNMTEG FWNNSMLTEP GDGRKVVCHP TAWDLGKGDF RIKMCTKVTM EDFLTAHHEM GHIQYDMAYA SQPYLLRNGA NEGF HEAVG EVMSLSVATP KHLKTMGLLS PDFREDDETE INFLLKQALN IVGTLPFTYM LEKWRWMVFK GEIPKEEWMK KWWEM RREI VGVVEPVPHD ETYCDPASLF HVANDYSFIR YYTRTIFEFQ FHEALCRIAQ HNGPLHKCDI SNSTDAGKKL HQMLSV GKS QAWTKTLEDI VGSRNMDVGP LLRYFEPLYT WLQEQNRKSY VGWNTDWSPY SDQSIKVRIS LKSALGEKAY EWNDNEM YL FRSSVAYAMR EYFLKTKNQT ILFGDENVWV SNLKPRISFN FHVTSPENVS DIIPRSEVEG AIRMSRSRIN DAFRLDDN S LEFLGIQPTL

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 987814
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る