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- EMDB-65554: Human SLC37A4 lateral dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65554
タイトルHuman SLC37A4 lateral dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Human SLC37A4
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4,Soluble cytochrome b562
キーワードSLC37A4 / G6PT / G6P / GSD-Ib / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate transmembrane transporter activity / Glycogen storage disease type Ib (SLC37A4) / glucose 6-phosphate:phosphate antiporter activity / glucose-6-phosphate transport / Gluconeogenesis / phosphate ion transmembrane transport / gluconeogenesis / electron transport chain / glucose metabolic process / glucose homeostasis ...glucose-6-phosphate transmembrane transporter activity / Glycogen storage disease type Ib (SLC37A4) / glucose 6-phosphate:phosphate antiporter activity / glucose-6-phosphate transport / Gluconeogenesis / phosphate ion transmembrane transport / gluconeogenesis / electron transport chain / glucose metabolic process / glucose homeostasis / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerate/sugar phosphate transporter, conserved site / : / glpT family of transporters signature. / Sugar phosphate transporter / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 ...Glycerate/sugar phosphate transporter, conserved site / : / glpT family of transporters signature. / Sugar phosphate transporter / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / MFS transporter superfamily / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4 / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhou D / Zhang Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471252 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1302300 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis of G6P/Pi transport and inhibition in SLC37A4.
著者: Dong Zhou / Yang Zhang / Nanhao Chen / Shitang Huang / Chen Song / Zhe Zhang /
要旨: Glycogen storage disease type Ib (GSD-Ib), caused by loss-of-function mutations in the endoplasmic reticulum transporter SLC37A4, disrupts glucose homeostasis through impaired glucose-6-phosphate ...Glycogen storage disease type Ib (GSD-Ib), caused by loss-of-function mutations in the endoplasmic reticulum transporter SLC37A4, disrupts glucose homeostasis through impaired glucose-6-phosphate (G6P)/phosphate (Pi) antiport. Despite its central role in glycogen metabolism and immune regulation, the structural mechanisms governing SLC37A4's transport cycle and pathological dysfunction remain elusive. Here we report cryo-electron microscopy structures of human SLC37A4 in four functional states, capturing conformational transitions between lumen-facing and cytoplasm-facing states. Combined with mutational analysis, molecular dynamics simulations and functional assays, we identify a conserved substrate-binding pocket that alternately accommodates G6P and Pi through electrostatic complementarity and domain-dependent interactions. We further demonstrate that the high-affinity inhibitor S-4048 sterically occludes the cytoplasmic entry pathway by trapping the transporter in a cytoplasm-facing conformation. Our work elucidates the molecular pathology of GSD-Ib-linked mutations and provides a structural framework for developing therapies targeting this transporter in metabolic diseases.
履歴
登録2025年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65554.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65554.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.0113112 - 1.6339451
平均 (標準偏差)0.00021804418 (±0.02995817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65554_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65554_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human SLC37A4

全体名称: Human SLC37A4
要素
  • 複合体: Human SLC37A4
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4,Soluble cytochrome b562

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超分子 #1: Human SLC37A4

超分子名称: Human SLC37A4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4,Soluble cytochrome b562

分子名称: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 60.194102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAQGYGYYR TVIFSAMFGG YSLYYFNRKT FSFVMPSLVE EIPLDKDDLG FITSSQSAAY AISKFVSGVL SDQMSARWLF SSGLLLVGL VNIFFAWSST VPVFAALWFL NGLAQGLGWP PCGKVLRKWF EPSQFGTWWA ILSTSMNLAG GLGPILATIL A QSYSWRST ...文字列:
MAAQGYGYYR TVIFSAMFGG YSLYYFNRKT FSFVMPSLVE EIPLDKDDLG FITSSQSAAY AISKFVSGVL SDQMSARWLF SSGLLLVGL VNIFFAWSST VPVFAALWFL NGLAQGLGWP PCGKVLRKWF EPSQFGTWWA ILSTSMNLAG GLGPILATIL A QSYSWRST LALSGALCVV VSFLCLLLIH NEPADVGLRN LDPMPSEGKK GSLKEESTLQ ELLLSPYLWV LSTGYLVVFG VK TCCTDWG QFFLIQEKGQ SALVGSSYMS ALEVGGLVGS IAAGYLSDRA MAKAGLSNYG NPRHGLLLFM MAGMTVSMYL FRV TVTSDS PKLWILVLGA VFGFSSYGPI ALFGVIANES APPNLCGTSH AIVGLMANVG GFLAGLPFST IAKHYSWSTA FWVA EVICA ASTAAFFLLR AEEEKRKAEE EKRKAEEEKR KADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKAT PPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLSN SLEVLFQ

UniProtKB: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4, Soluble cytochrome b562

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 86909
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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