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- EMDB-64505: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64505
タイトルCryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) bound with malonyl-CoA
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) bound with malonyl-CoA
    • タンパク質・ペプチド: Protein ECERIFERUM 26-like
    • タンパク質・ペプチド: 3-ketoacyl-CoA synthase
  • リガンド: MALONYL-COENZYME A
キーワードComplex / inactive C222A mutant / Malonyl-CoA / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Very-long-chain 3-ketoacyl-CoA synthase / FAE1/Type III polyketide synthase-like protein / FAE1/Type III polyketide synthase-like protein / : / Transferase family / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ECERIFERUM 26-like / 3-ketoacyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Liu Y / Zhang P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32230050 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis of very-long-chain fatty acid elongation by the CER6-GL2 enzyme complex in plant wax biosynthesis
著者: Liu Y / Zhang P
履歴
登録2025年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64505.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64505.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-2.473769 - 3.889357
平均 (標準偏差)0.0017234607 (±0.08485377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 335.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_64505_half_map_1.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_64505_half_map_2.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A m...

全体名称: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) bound with malonyl-CoA
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) bound with malonyl-CoA
    • タンパク質・ペプチド: Protein ECERIFERUM 26-like
    • タンパク質・ペプチド: 3-ketoacyl-CoA synthase
  • リガンド: MALONYL-COENZYME A

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A m...

超分子名称: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) bound with malonyl-CoA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)

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分子 #1: Protein ECERIFERUM 26-like

分子名称: Protein ECERIFERUM 26-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
分子量理論値: 46.86498 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKMV FEQHEEEAVA PGAVHGHRLS TVVPSSVTGE VDYALADADL AFKLHYLRGV YYYRSGDGLA TKVLKDPMFP WLDDHFPVA GRVRRAEAEG DGAPRRPYIK CNDCGVRIVE ARCDRDMAEW IRDAAPGRIR QLCYDKVLGP ELFFSPLLYV Q ITNFKCGG ...文字列:
DYKDDDDKMV FEQHEEEAVA PGAVHGHRLS TVVPSSVTGE VDYALADADL AFKLHYLRGV YYYRSGDGLA TKVLKDPMFP WLDDHFPVA GRVRRAEAEG DGAPRRPYIK CNDCGVRIVE ARCDRDMAEW IRDAAPGRIR QLCYDKVLGP ELFFSPLLYV Q ITNFKCGG LALGFSWAHL IGDIPSAATC FNKWAQILSG KKPEATVLTP PNQPLQGQSP AAPRSVKQVG PMEDLWLVPA GR DMACYSF HVSDAVLKKL HQQQNGRQDA AAGTFELVSA LVWQAVAKIR GDVDTVTVVR ADAAARSGKS LANEMKVGYV ESA GSSPAK TDVAELAALL AKNVVDETAA VAAFQGDVLV YGGANLTLVD MEQVDLYGLE IKGQRPVYVE YGMDGVGDEG AVLV QPDAD GRGRLVTVVL PGDEIDSLRA ALGSALHVA

UniProtKB: Protein ECERIFERUM 26-like

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分子 #2: 3-ketoacyl-CoA synthase

分子名称: 3-ketoacyl-CoA synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
分子量理論値: 56.381375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHMPSG GVFSGSVNLK HVKLGYQYLV NHFLTLLLVP VMAATALELA RLGPGELLSL WRSLELDLVH ILCSAFLVVF VGTVYVMSR PRPVYLVDYA CYKPPASCRV PFATFMEHTR LISDDDKSVR FQTRILERSG LGEDTCLPPA NHYIPPNPSM E ASRAEAQL ...文字列:
HHHHHHMPSG GVFSGSVNLK HVKLGYQYLV NHFLTLLLVP VMAATALELA RLGPGELLSL WRSLELDLVH ILCSAFLVVF VGTVYVMSR PRPVYLVDYA CYKPPASCRV PFATFMEHTR LISDDDKSVR FQTRILERSG LGEDTCLPPA NHYIPPNPSM E ASRAEAQL VIFSAIDDLV RRTGLKPKDI DILVVNCSLF SPTPSLSAMI INKYKLRSNI RSFNLSGMGA SAGLISIDLA RD MLQVHPN SNALVVSTEI ITPNFYQGSR RDMLLPNCLF RMGAAAILLS NRRREARRAK YRLVHVVRTH KGADDRAYRC VYE EEDEQG FSGISLSKEL MAIAGDALKS NITTIGPLVL PMSEQLLFFF RLVGRKLVNK GWRPYIPDFK LAFEHFCIHA GGRA VIDEL QKNLQLSPRH VEASRMTLHR FGNTSSSSLW YELAYIEAKG RMRRGDRVWQ IGFGSGFKCN SAVWKCLRSI KTPTN GPWD DCIHRYPVDV PEVVKL

UniProtKB: 3-ketoacyl-CoA synthase

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分子 #3: MALONYL-COENZYME A

分子名称: MALONYL-COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MLC
分子量理論値: 853.58 Da
Chemical component information

ChemComp-MLC:
MALONYL-COENZYME A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 156994
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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