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- EMDB-6439: Helical cryo-EM reconstruction of HIV Rev filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6439
タイトルHelical cryo-EM reconstruction of HIV Rev filament
マップデータHelical Reconstruction of HIV-1 Rev filament
試料
  • 試料: HIV-1 Rev filament
  • タンパク質・ペプチド: Rev protein
キーワードHIV Rev filament / helical assembly / HIV life cycle / viral RNA / nuclear export
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nucleoplasm / host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者DiMattia MA / Watts NR / Cheng N / Huang R / Heymann JB / Wingfield PT / Grimes JM / Stuart DI / Steven AC
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The Structure of HIV-1 Rev Filaments Suggests a Bilateral Model for Rev-RRE Assembly.
著者: Michael A DiMattia / Norman R Watts / Naiqian Cheng / Rick Huang / J Bernard Heymann / Jonathan M Grimes / Paul T Wingfield / David I Stuart / Alasdair C Steven /
要旨: HIV-1 Rev protein mediates the nuclear export of viral RNA genomes. To do so, Rev oligomerizes cooperatively onto an RNA motif, the Rev response element (RRE), forming a complex that engages with the ...HIV-1 Rev protein mediates the nuclear export of viral RNA genomes. To do so, Rev oligomerizes cooperatively onto an RNA motif, the Rev response element (RRE), forming a complex that engages with the host nuclear export machinery. To better understand Rev oligomerization, we determined four crystal structures of Rev N-terminal domain dimers, which show that they can pivot about their dyad axis, giving crossing angles of 90° to 140°. In parallel, we performed cryoelectron microscopy of helical Rev filaments. Filaments vary from 11 to 15 nm in width, reflecting variations in dimer crossing angle. These structures contain additional density, indicating that C-terminal domains become partially ordered in the context of filaments. This conformational variability may be exploited in the assembly of RRE/Rev complexes. Our data also revealed a third interface between Revs, which offers an explanation for how the arrangement of Rev subunits adapts to the "A"-shaped architecture of the RRE in export-active complexes.
履歴
登録2015年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年6月22日-
更新2016年7月20日-
現状2016年7月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6439.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical Reconstruction of HIV-1 Rev filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.65 Å		1.02 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.65 Å		1.02 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.65 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0155 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.6 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-5.7130022 - 7.22380447
平均 (標準偏差)0.0 (±0.80485672)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-149-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 304.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.01551.01551.0155
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.650304.650304.650
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-149-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-5.7137.2240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Rev filament

全体名称: HIV-1 Rev filament
要素
  • 試料: HIV-1 Rev filament
  • タンパク質・ペプチド: Rev protein

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超分子 #1000: HIV-1 Rev filament

超分子名称: HIV-1 Rev filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: polymerized filament of Rev dimers / Number unique components: 1

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分子 #1: Rev protein

分子名称: Rev protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
別称: HIV-1
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Protein Rev

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
グリッド詳細: C-flat holey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2015年2月19日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 93 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.09 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.99 µm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were aligned using IHRSR.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 21.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.1 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: BSOFT
CTF補正詳細: Each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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