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- EMDB-63960: HBsAg in complex with HBC34 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63960
タイトルHBsAg in complex with HBC34 Fab
マップデータThis is a composite map
試料
  • 複合体: Structure of the Hepatitis B virus envelope protein in complex with HBC34 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Middle S protein
    • タンパク質・ペプチド: HBC34 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: HBC34 Fab Light Chain
キーワードHBV / HBsAg / Fab / Antigenic loop / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane / Middle S protein
機能・相同性情報
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Chen L / He X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31821091 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural polymorphism of the antigenic loop in HBV surface antigen dictates binding of diverse neutralizing antibodies.
著者: Xiao He / Weiyu Tao / Yunlu Kang / Jiaxuan Xu / Xiaoyu Liu / Lei Chen /
要旨: The Hepatitis B Virus (HBV) poses a significant health threat, causing millions of deaths each year. Hepatitis B surface antigen (HBsAg), the sole membrane protein on the HBV viral envelope, plays ...The Hepatitis B Virus (HBV) poses a significant health threat, causing millions of deaths each year. Hepatitis B surface antigen (HBsAg), the sole membrane protein on the HBV viral envelope, plays crucial roles in viral attachment to host cells and serves as the target for neutralizing antibodies (NAbs). Despite its functional and therapeutic significance, the mechanisms by which NAbs recognize HBsAg remain elusive. Here, we found that HBsAg proteins exist in distinct subtypes and are recognized by different groups of antibodies. Cryo-electron microscopy (Cryo-EM) structures of HBsAg dimers in complex with NAb Fab fragments reveal that the antigenic loop (AGL) of these distinct HBsAg types share a common structural core comprised of four β-strands. However, their surface structures exhibit unexpected polymorphism due to distinct disulfide bond linkages within the AGL region. This structural polymorphism determines the recognition of HBsAg by different groups of NAbs.
履歴
登録2025年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63960.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.88 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.88 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.74
最小 - 最大-0.69139683 - 3.6559503
平均 (標準偏差)0.009897491 (±0.05121362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63960_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63960_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63960_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Hepatitis B virus envelope protein in complex wi...

全体名称: Structure of the Hepatitis B virus envelope protein in complex with HBC34 Fab
要素
  • 複合体: Structure of the Hepatitis B virus envelope protein in complex with HBC34 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Middle S protein
    • タンパク質・ペプチド: HBC34 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: HBC34 Fab Light Chain

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超分子 #1: Structure of the Hepatitis B virus envelope protein in complex wi...

超分子名称: Structure of the Hepatitis B virus envelope protein in complex with HBC34 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

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分子 #1: Middle S protein

分子名称: Middle S protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
分子量理論値: 31.153318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQWNSTTFHQ TLQDPRVRGL YFPAGGSSSG AVNPVPTTAS PLSSIFSRIG DPALNMENIT SGFLGPLLVL QAGFFLLTRI LTIPQSLDS WWTSLNFLGG TTVCLGQNSQ SPTSNHSPTS CPPTCPGYRW MALRRFIIFL FILLLALIFL LVLLDYQGML P VCPLIPGS ...文字列:
MQWNSTTFHQ TLQDPRVRGL YFPAGGSSSG AVNPVPTTAS PLSSIFSRIG DPALNMENIT SGFLGPLLVL QAGFFLLTRI LTIPQSLDS WWTSLNFLGG TTVCLGQNSQ SPTSNHSPTS CPPTCPGYRW MALRRFIIFL FILLLALIFL LVLLDYQGML P VCPLIPGS STTSTGPCRT CMTTAQGTSM YPSCCCTKPS DGNCTCIPIP SSWAFGKFLW EWASARFSWL SLLVPFVQWF VG LSPTVWL SVIWMMWYWG PSLYSILSPF LPLLPIFFAL WVYI

UniProtKB: Middle S protein

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分子 #2: HBC34 Fab Heavy Chain

分子名称: HBC34 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.412146 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSELQLVESG GGWVQPGGSQ RLSCAASGRI FRSFYMSWVR QAPGKGLEWV ATINQDGSEK LYVDSVKGRF TISRDNAKNS LFLQMNNLR VEDTAVYYCA AWSGNSGGMD VWGQGTTVSV SSLEASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
GSELQLVESG GGWVQPGGSQ RLSCAASGRI FRSFYMSWVR QAPGKGLEWV ATINQDGSEK LYVDSVKGRF TISRDNAKNS LFLQMNNLR VEDTAVYYCA AWSGNSGGMD VWGQGTTVSV SSLEASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRV

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分子 #3: HBC34 Fab Light Chain

分子名称: HBC34 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.101656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTVSI PCSGDKLGNK NVCWFQHKPG QSPVLVIYEV KYRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQAM DEAAYFCQT WDSTTVVFGG GTRLTVLRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
SYELTQPPSV SVSPGQTVSI PCSGDKLGNK NVCWFQHKPG QSPVLVIYEV KYRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQAM DEAAYFCQT WDSTTVVFGG GTRLTVLRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.41
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 206975
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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