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万見
- EMDB-63480: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63480
タイトルHuman RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK promoter (7SK-TC6)
マップデータPol III 7SK-TC6 main map
試料
  • 複合体: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK promoter (7SK-TC6)
キーワードelongation complex / TRANSCRIPTION/DNA/RNA / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex / TRANSCRIPTION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang Q / Ren Y / Jin Q / Chen X / Xu Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural insights into human Pol III transcription initiation in action.
著者: Qianmin Wang / Yulei Ren / Qianwei Jin / Xizi Chen / Yanhui Xu /
要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcribes highly demanded RNAs grouped into three types of classical promoters, including type 1 (5S rRNA), type 2 (tRNA) and type 3 (short non-coding RNAs, such as U6, ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes highly demanded RNAs grouped into three types of classical promoters, including type 1 (5S rRNA), type 2 (tRNA) and type 3 (short non-coding RNAs, such as U6, 7SK and RNase H1) promoters. While structures of the Pol III preinitiation complex (PIC) and elongation complex (EC) have been determined, the mechanism underlying the transition from initiation to elongation remains unclear. Here we reconstituted seven human Pol III transcribing complexes (TC4, TC5, TC6, TC8, TC10, TC12 and TC13) halted on U6 promoters with nascent RNAs of 4-13 nucleotides. Cryo-electron microscopy structures captured initially transcribing complexes (ITCs; TC4 and TC5) and ECs (TC6-13). Together with KMnO footprinting, the data reveal extensive modular rearrangements: the transcription bubble expands from PIC to TC5, followed by general transcription factor (GTF) dissociation and abrupt bubble collapse from TC5 to TC6, marking the ITC-EC transition. In TC5, SNAPc and TFIIIB remain bound to the promoter and Pol III, while the RNA-DNA hybrid adopts a tilted conformation with template DNA blocked by BRF2, a TFIIIB subunit. Hybrid forward translocation during ITC-EC transition triggers BRF2-finger retraction, GTF release and transcription-bubble collapse. Pol III then escapes the promoter while GTFs stay bound upstream, potentially enabling reinitiation. These findings reveal molecular insights into Pol III dynamics and reinitiation mechanisms on type 3 promoters of highly demanded small RNAs, with the earliest documented initiation-elongation transition for an RNA polymerase.
履歴
登録2025年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63480.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 127.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pol III 7SK-TC6 main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 322 pix.
= 429.548 Å		1.33 Å/pix.
x 322 pix.
= 429.548 Å		1.33 Å/pix.
x 322 pix.
= 429.548 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.334 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-4.053441 - 6.766449
平均 (標準偏差)0.004502925 (±0.108449474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ322322322
Spacing322322322
セルA=B=C: 429.548 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Pol III 7SK-TC6 half map 2

ファイルemd_63480_half_map_1.map
注釈Pol III 7SK-TC6 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Pol III 7SK-TC6 half map 1

ファイルemd_63480_half_map_2.map
注釈Pol III 7SK-TC6 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK pr...

全体名称: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK promoter (7SK-TC6)
要素
  • 複合体: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK promoter (7SK-TC6)

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超分子 #1: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK pr...

超分子名称: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 6 on 7SK promoter (7SK-TC6)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: RNA polymerase III transcribing complex 6 RNA polymerase III in transcription elongation stage
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

35722

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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