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- EMDB-63379: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63379
タイトルCryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 7種
キーワードreaction centre light-harvesting 1 / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Antenna pigment protein beta chain / Antenna pigment protein alpha chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Liu ZK / Wang P / Liu LN
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32370136 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex
著者: Liu ZK / Wang P / Liu LN
履歴
登録2025年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63379.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 300 pix.
= 291. Å		0.97 Å/pix.
x 300 pix.
= 291. Å		0.97 Å/pix.
x 300 pix.
= 291. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.96817464 - 2.0721948
平均 (標準偏差)0.0028049052 (±0.062235236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 291.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63379_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63379_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex

全体名称: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Protein LRC
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein H chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPEROIDENONE
  • リガンド: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: FE (III) ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex

超分子名称: Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)

+
分子 #1: Protein LRC

分子名称: Protein LRC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 7.963479 KDa
配列文字列:
DMTCTITCWG IGVLLGIMTT VGLMVVGWSF LQGAFMGVLA WLIVGGVLAV AVCGKDNAEQ IRAEMAAARE RVRGAT

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: Antenna pigment protein alpha chain

分子名称: Antenna pigment protein alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 5.993136 KDa
配列文字列:
MSKFYKIWLI FDPRRVFVAQ GVFLFLLAAM IHLVLLSTEH FNWFELAAAN A

UniProtKB: Antenna pigment protein alpha chain

+
分子 #3: Antenna pigment protein beta chain

分子名称: Antenna pigment protein beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 5.044715 KDa
配列文字列:
DLSFTGLTDE QAQELHSVYM SGLWLFSAVA VVAHLATFIW RPWF

UniProtKB: Antenna pigment protein beta chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 39.580883 KDa
配列文字列: KWFDEWNSKN PTDIYKPAIV VGVAGGAVFA AALLVSMGQP LATDSMQTGP RGTGMSVPEF VSDLDTPDPT IEVFLASTSD PVIPEEGAQ TAGEAYENVD PVLADLTVEN YDRLLAAMRS WTGIPDLLED PDHYQSKVAI NMIQMNQTIN EEWAGHVYAN A EVGVTCFT ...文字列:
KWFDEWNSKN PTDIYKPAIV VGVAGGAVFA AALLVSMGQP LATDSMQTGP RGTGMSVPEF VSDLDTPDPT IEVFLASTSD PVIPEEGAQ TAGEAYENVD PVLADLTVEN YDRLLAAMRS WTGIPDLLED PDHYQSKVAI NMIQMNQTIN EEWAGHVYAN A EVGVTCFT CHRGQAVPSE VWYRIDPVTE NTSGWASVQN RATSLSQFTS LPSDALYQYL LNYEQIAVHD LESRVETLPG DP TWQNTER TYSLMNYFSN SLGRNCVFCH NSRAFYDPAQ HTPQWATAML GISMVQELNN EWIVPIGEAH LPPERLGPVY NDV PKLACK TCHKGYQQPL QGLNVVADWP ELATTEGPFY D

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #5: Reaction center protein H chain

分子名称: Reaction center protein H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 28.621299 KDa
配列文字列: EETFFGNFDL ASLSLWLFYG FFALLIYYLQ TENMREGYPL EDEDGNTAAN QGPFPLPKEK TFKLQHGRGE LTLPGEDVQR RDNLALRKT AHGNGFPMEP TGDPMLDGVG PASWSKRRDV PELDAHGHPK IVPMSAAEGF GVSAGTDPRG LPVMAGDGEI V GLVSDMWI ...文字列:
EETFFGNFDL ASLSLWLFYG FFALLIYYLQ TENMREGYPL EDEDGNTAAN QGPFPLPKEK TFKLQHGRGE LTLPGEDVQR RDNLALRKT AHGNGFPMEP TGDPMLDGVG PASWSKRRDV PELDAHGHPK IVPMSAAEGF GVSAGTDPRG LPVMAGDGEI V GLVSDMWI DEAEQLVRYL ELELDPEWGD GKRLVQRQMV RIKSDRVKVR SIYGKHFKNV PKTKSPNQVT LLEEDKIMAY YA GGTLYAD ESRLEPQL

UniProtKB: Reaction center protein H chain

+
分子 #6: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 30.533416 KDa
配列文字列: ALLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTTAF FALLGTILIF WGASQQGTFN PWLINIAPPD LSYGLGMAPL MEGGLWQII TICAIGAFVS WALREVEICR KLGMGYHVPF AFSVAIFAYV TLVVFRPLLM GAWGHGFPYG IWSHLDWVSN T GYAYLHFH ...文字列:
ALLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTTAF FALLGTILIF WGASQQGTFN PWLINIAPPD LSYGLGMAPL MEGGLWQII TICAIGAFVS WALREVEICR KLGMGYHVPF AFSVAIFAYV TLVVFRPLLM GAWGHGFPYG IWSHLDWVSN T GYAYLHFH YNPAHMLAVT FFFTTTLALA LHGALVLSAA NPPKGEEVKG PDNEDTFFRD FIGYSIGTLG IHRVGLLLAL NA GFWSAVC IIISGPVWTK GWPEWWNWWL EMPIWP

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #7: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 37.037172 KDa
配列文字列: PEYQNIFTQV QVQGPAELGV DNENNLTEER TTGTGFSQLI GWIGNAQLGP IYLGWFGIIS LVTGTLWFNI VGFNMLSQVG YSIPEFIRQ LFWLALEPPS PEYGLRMPPL DDGGWFIIAS FFLLVSVISW WLRTYQLAEM HKMGKHVAWA FAAAIWLFLV L GLFRPILM ...文字列:
PEYQNIFTQV QVQGPAELGV DNENNLTEER TTGTGFSQLI GWIGNAQLGP IYLGWFGIIS LVTGTLWFNI VGFNMLSQVG YSIPEFIRQ LFWLALEPPS PEYGLRMPPL DDGGWFIIAS FFLLVSVISW WLRTYQLAEM HKMGKHVAWA FAAAIWLFLV L GLFRPILM GSWSEAVPYG IFPHLDWTTA FSIRYGNLYY NPFHALSIVF LYGSVLLFAM HGATILAVTR FGGDRELEQI YD RGTASER AGLFWRWTMG FNATMEGIHR WAWWFAVLTP ITGGIGILLT GTVVDNWFLW AVEHNFAPDY TQDYGYEAYT TYD GFLGR

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #8: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

+
分子 #9: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 38 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #10: SPEROIDENONE

分子名称: SPEROIDENONE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 35 / 式: SPN
分子量理論値: 594.993 Da
Chemical component information

ChemComp-SPN:
SPEROIDENONE

+
分子 #11: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24l...

分子名称: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 9 / 式: MW9
分子量理論値: 777.06 Da
Chemical component information

ChemComp-MW9:
(21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate

+
分子 #12: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #13: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #14: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6et5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 123390
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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画像解析 #2

Image processing ID2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6et5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 123390
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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