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- EMDB-63018: Coordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C2S2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63018
タイトルCoordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C2S2M2-type PSII supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII-LHCII-ST2)
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • リガンド: x 16種
キーワードphotosystem / PLANT PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / chloroplast stromal thylakoid / plastoglobule / response to high light intensity / thylakoid membrane / regulation of stomatal movement / chloroplast thylakoid ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / chloroplast stromal thylakoid / plastoglobule / response to high light intensity / thylakoid membrane / regulation of stomatal movement / chloroplast thylakoid / vacuolar transport / thylakoid / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / response to abscisic acid / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / (thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / (thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Chen SJB / Wu C / Wu JH / Sui SF / Zhang LX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C2S2M2-type PSII supercomplex
著者: Chen SJB / Wu C / Wu JH / Sui SF / Zhang LX
履歴
登録2025年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63018.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.35 Å/pix.
x 432 pix.
= 583.2 Å		1.35 Å/pix.
x 432 pix.
= 583.2 Å		1.35 Å/pix.
x 432 pix.
= 583.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.62
最小 - 最大-23.600860000000001 - 57.685886000000004
平均 (標準偏差)0.02746084 (±1.3427253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 583.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII...

全体名称: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII-LHCII-ST2)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII-LHCII-ST2)
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: (thale cress) hypothetical protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII...

超分子名称: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII-LHCII-ST2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 28.193934 KDa
配列文字列: MAASTMALSS PALTGKAVKL SPAASEVFGT GRITMRKASK PTGPSGSPWY GSDRVKYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGWD TAGLSADPE TFARNRELEV IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGSQIFS DGGLDYLGNP SLVHAQSILA I WATQVILM ...文字列:
MAASTMALSS PALTGKAVKL SPAASEVFGT GRITMRKASK PTGPSGSPWY GSDRVKYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGWD TAGLSADPE TFARNRELEV IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGSQIFS DGGLDYLGNP SLVHAQSILA I WATQVILM GAVEGYRVAG DGPLGEAEDL LYPGGSFDPL GLATDPEAFA ELKVKELKNG RLAMFSMFGF FVQAIVTGKG PL ENLADHL ADPVNNNAWA FATNFVPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.45299 KDa
配列文字列: ASSFNPLRDV VSLGSPKYTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSVQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGAFGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQVILMGLVE GFRINGLDGV G EGNDLYPG ...文字列:
ASSFNPLRDV VSLGSPKYTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSVQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGAFGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQVILMGLVE GFRINGLDGV G EGNDLYPG GQYFDPLGLA DDPVTFAELK VKEIKNGRLA MFSMFGFFVQ AIVTGKGPLE NLLDHLDNPV ANNAWAFATK FA PGA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.198287 KDa
配列文字列: AAAAAQPKKS WIPAVKGGGN FLDPEWLDGS LPGDFGFDPL GLGKDPAFLK WYREAELIHG RWAMAAVLGI FVGQAWSGVA WFEAGAQPD AIAPFSFGSL LGTQLLLMGW VESKRWVDFF NPDSQSVEWA TPWSKTAENF ANYTGDQGYP GGRFFDPLGL A GKNRDGVY ...文字列:
AAAAAQPKKS WIPAVKGGGN FLDPEWLDGS LPGDFGFDPL GLGKDPAFLK WYREAELIHG RWAMAAVLGI FVGQAWSGVA WFEAGAQPD AIAPFSFGSL LGTQLLLMGW VESKRWVDFF NPDSQSVEWA TPWSKTAENF ANYTGDQGYP GGRFFDPLGL A GKNRDGVY EPDFEKLERL KLAEIKHSRL AMVAMLIFYF EAGQGKTPLG ALGL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.830082 KDa
配列文字列: TAILERRESE SLWGRFCNWI TSTENRLYIG WFGVLMIPTL LTATSVFIIA FIAAPPVDID GIREPVSGSL LYGNNIISGA IIPTSAAIG LHFYPIWEAA SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI Y PIGQGSFS ...文字列:
TAILERRESE SLWGRFCNWI TSTENRLYIG WFGVLMIPTL LTATSVFIIA FIAAPPVDID GIREPVSGSL LYGNNIISGA IIPTSAAIG LHFYPIWEAA SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI Y PIGQGSFS DGMPLGISGT FNFMIVFQAE HNILMHPFHM LGVAGVFGGS LFSAMHGSLV TSSLIRETTE NESANEGYRF GQ EEETYNI VAAHGYFGRL IFQYASFNNS RSLHFFLAAW PVVGIWFTAL GISTMAFNLN GFNFNQSVVD SQGRVINTWA DII NRANLG MEVMHERNAH NFPLDLAAVE APSTNG

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #5: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 56.091824 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL AVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG LWSYEGVAGA HIVFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL AVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG LWSYEGVAGA HIVFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV SDPYGLTGKV QPVNPAWGVE GFDPFVPGGI ASHHIAAGTL GILAGLFHLS VRPPQRLYKG LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDQ GYFQQEIYRR VSAGLAENQS LSEAWAKIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGSMDNGDGI AVGWLGHPVF RNKEGRELFV RRMPTFFETF PVVLVDGDGI VRADVPFRRA ESKYSVEQVG VTVE FYGGE LNGVSYSDPA TVKKYARRAQ LGEIFELDRA TLKSDGVFRS SPRGWFTFGH ASFALLFFFG HIWHGARTLF RDVFA GIDP DLDAQVEFGA FQKLGDPTTK RQAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #6: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 50.086324 KDa
配列文字列: TLFNGTLALA GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGWGVGPGG EVIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGIYHA LLGPETLEES FPFFGYVWKD RNKMTTILGI HLILLGVGAF L LVFKALYF ...文字列:
TLFNGTLALA GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGWGVGPGG EVIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGIYHA LLGPETLEES FPFFGYVWKD RNKMTTILGI HLILLGVGAF L LVFKALYF GGVYDTWAPG GGDVRKITNL TLSPSVIFGY LLKSPFGGEG WIVSVDDLED IIGGHVWLGS ICIFGGIWHI LT KPFAWAR RALVWSGEAY LSYSLAALSV CGFIACCFVW FNNTAYPSEF YGPTGPEASQ AQAFTFLVRD QRLGANVGSA QGP TGLGKY LMRSPTGEVI FGGETMRFWD LRAPWLEPLR GPNGLDLSRL KKDIQPWQER RSAEYMTHAP LGSLNSVGGV ATEI NAVNY VSPRSWLSTS HFVLGFFLFV GHLWHAGRAR AAAAGFEKGI DRDFEPVLSM TPLN

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #7: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 39.444082 KDa
配列文字列: TIALGKFTKD EKDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
TIALGKFTKD EKDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSALGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAAQDQPH ENLIFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #8: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.393501 KDa
配列文字列:
MSGSTGERSF ADIITSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTESR QGIPLITGRF DSLEQLDEFS RSF

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #9: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.428228 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAVHGL AVPTVSFLGS ISAMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #10: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 24.885072 KDa
配列文字列: RKTVAKPKGP SGSPWYGSDR VKYLGPFSGE SPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFARN RELEVIHSRW AMLGALGCVF PELLARNGV KFGEAVWFKA GSQIFSDGGL DYLGNPSLVH AQSILAIWAT QVILMGAVEG YRVAGNGPLG EAEDLLYPGG S FDPLGLAT ...文字列:
RKTVAKPKGP SGSPWYGSDR VKYLGPFSGE SPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFARN RELEVIHSRW AMLGALGCVF PELLARNGV KFGEAVWFKA GSQIFSDGGL DYLGNPSLVH AQSILAIWAT QVILMGAVEG YRVAGNGPLG EAEDLLYPGG S FDPLGLAT DPEAFAELKV KELKNGRLAM FSMFGFFVQA IVTGKGPIEN LADHLADPVN NNAWAFATNF VPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.575691 KDa
配列文字列:
ATQTVEDSSR SGPRSTTVGK LLKPLNSEYG KVAPGWGTTP LMGVAMALFA VFLSIILEIY NSSVLLDGIS VN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.170891 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT VVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGREE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.239112 KDa
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDVMPVIP LFFLLLAFVW QAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.471075 KDa
配列文字列:
MTQSNPNEQS VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.783538 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQND

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.302855 KDa
配列文字列: AAPKKSAKKT VTTDRPLWYP GAISPDWLDG SLVGDYGFDP FGLGKPAEYL QFDIDSLDQN LAKNLAGDVI GTRTEAADAK STPFQPYSE VFGIQRFREC ELIHGRWAML ATLGALSVEW LTGVTWQDAG KVELVDGSSY LGQPLPFSIS TLIWIEVLVI G YIEFQRNA ...文字列:
AAPKKSAKKT VTTDRPLWYP GAISPDWLDG SLVGDYGFDP FGLGKPAEYL QFDIDSLDQN LAKNLAGDVI GTRTEAADAK STPFQPYSE VFGIQRFREC ELIHGRWAML ATLGALSVEW LTGVTWQDAG KVELVDGSSY LGQPLPFSIS TLIWIEVLVI G YIEFQRNA ELDSEKRLYP GGKFFDPLGL AADPEKTAQL QLAEIKHARL AMVAFLGFAV QAAATGKGPL NNWATHLSDP LH TTIIDTF SSS

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.232754 KDa
配列文字列: SKAVSETSDE LAKWYGPDRR IFLPDGLLDR SEIPEYLNGE VAGDYGYDPF GLGKKPENFA KYQAFELIHA RWAMLGAAGF IIPEALNKY GANCGPEAVW FKTGALLLDG NTLNYFGKNI PINLVLAVVA EVVLLGGAEY YRITNGLDFE DKLHPGGPFD P LGLAKDPE ...文字列:
SKAVSETSDE LAKWYGPDRR IFLPDGLLDR SEIPEYLNGE VAGDYGYDPF GLGKKPENFA KYQAFELIHA RWAMLGAAGF IIPEALNKY GANCGPEAVW FKTGALLLDG NTLNYFGKNI PINLVLAVVA EVVLLGGAEY YRITNGLDFE DKLHPGGPFD P LGLAKDPE QGALLKVKEI KNGRLAMFAM LGFFIQAYVT GEGPVENLAK HLSDPFGNNL LTVIAGTAER APTL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.825642 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKIS TKK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #19: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.17881 KDa
配列文字列:
EPKRGTEAAK KKYAQVCVTM PTAKICRY

UniProtKB: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

+
分子 #20: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.036749 KDa
配列文字列:
LVDERMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWTFFFVY TSSLEEDEES GLSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

+
分子 #21: (thale cress) hypothetical protein

分子名称: (thale cress) hypothetical protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.186916 KDa
配列文字列:
AGSGISPSLK NFLLSIASGG LVLTVIIGVV VGVSNFDPVK RT

UniProtKB: (thale cress) hypothetical protein

+
分子 #22: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.569768 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIITSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL IS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #23: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 95 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #24: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 215 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #25: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 31 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #26: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 11 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #27: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 5 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 22 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #29: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 24 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #30: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #31: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #32: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #33: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 10 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #34: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 9 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

+
分子 #37: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #38: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 38544
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る