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万見
- EMDB-62925: Locally refined region of SARS-CoV-2 spike in complex with antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62925
タイトルLocally refined region of SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2.
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2
    • 複合体: The Fab of 3E2
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 3E2
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 3E2
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: The Fab of 9G11
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 9G11
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 9G11
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / RBD / Fab / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Jiang Y / Sun H / Zheng Q / Li S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2024
タイトル: Structural insight into broadening SARS-CoV-2 neutralization by an antibody cocktail harbouring both NTD and RBD potent antibodies.
著者: Wenling Jiang / Yanan Jiang / Hui Sun / Tingting Deng / Kunyu Yu / Qianjiao Fang / Huimin Ge / Miaoling Lan / Yanling Lin / Zhongyue Fang / Yali Zhang / Lizhi Zhou / Tingting Li / Hai Yu / ...著者: Wenling Jiang / Yanan Jiang / Hui Sun / Tingting Deng / Kunyu Yu / Qianjiao Fang / Huimin Ge / Miaoling Lan / Yanling Lin / Zhongyue Fang / Yali Zhang / Lizhi Zhou / Tingting Li / Hai Yu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Ningshao Xia / Ying Gu /
要旨: The continual emergence of highly pathogenic novel coronaviruses and their variants has underscored the importance of neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) as a pivotal therapeutic approach. In ...The continual emergence of highly pathogenic novel coronaviruses and their variants has underscored the importance of neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) as a pivotal therapeutic approach. In the present study, we report the specific neutralizing antibodies 13H7 and 9G11, which target the N-terminal domain (NTD) and receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2, respectively. The comparative analysis observed that 13H7 not only neutralizes early variants of concern (VOCs) but also exhibits neutralizing activity against the Omicron sublineage, including BA.4, BA.5, BQ.1, and BQ.1.1. 9G11, as an RBD antibody, also demonstrated remarkable neutralizing efficacy. A cocktail antibody combining 13H7 and 9G11 with the previously reported 3E2 broaden the neutralization spectrum against new variants of the SARS-CoV-2. We elucidated the cryo-EM structure of the complex, clarifying the mechanism of action of the cocktail antibody combination. Additionally, we also emphasized the molecular mechanism between 13H7 and SARS-CoV-2 NTD, revealing the impact of Y144 and H146 residue deletions and mutations on the neutralizing efficacy of 13H7. Taken together, our findings not only offer novel insights into the combination therapy of NTD and RBD neutralizing mAbs but also lay a theoretical foundation for the development of vaccines targeting NTD antibodies, thus providing valuable understanding of alleviating the emergence of SARS-CoV-2 variants.
履歴
登録2025年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 576 pix.
= 448.128 Å		0.78 Å/pix.
x 576 pix.
= 448.128 Å		0.78 Å/pix.
x 576 pix.
= 448.128 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.778 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.7492249 - 1.3449693
平均 (標準偏差)-0.0002982659 (±0.014045892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 448.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62925_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62925_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2

全体名称: SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2
    • 複合体: The Fab of 3E2
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 3E2
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 3E2
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: The Fab of 9G11
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 9G11
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 9G11
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2

超分子名称: SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: The Fab of 3E2

超分子名称: The Fab of 3E2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #3: SARS-CoV-2 spike

超分子名称: SARS-CoV-2 spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #4: The Fab of 9G11

超分子名称: The Fab of 9G11 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 25.122336 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS T PCNGVEGF ...文字列:
RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS T PCNGVEGF NCYFPLQSYG FQPTNGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNF

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Light chain of 3E2

分子名称: Light chain of 3E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.203357 KDa
配列文字列:
QIVLTQSPAI MSASLGEEIT LTCSVSSSVS DMHWYQQKSG TSPKVFIYST SNLASGVPSR FSGSGSGTFY SLTISSVEAE DAAYYYCHQ WSSWTFGGGT KLEIK

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分子 #3: Heavy chain of 3E2

分子名称: Heavy chain of 3E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.105676 KDa
配列文字列:
EVMLVESGGG VVKPGGSLKL SCAASGFSFS TYAMSWIRQT PEKSLEWVAA ISSGGTNTYY PGSVKGRFTI SRDKAMNTLY LQLSSLRSE DTAMYYCVRH SGNYVDSVMD YWGQGTSVTV SS

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分子 #4: Light chain of 9G11

分子名称: Light chain of 9G11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.809047 KDa
配列文字列:
DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVG TNVAWYQQKP GQPPKALIYS ASYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLAEYFCQ QYNSYPWTFG GGTKLEIK

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分子 #5: Heavy chain of 9G11

分子名称: Heavy chain of 9G11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.080461 KDa
配列文字列:
QVQLQQPGAE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYSMHWVKQT PGQGLEWIGA IYPGIGDTSY NQKFKGKATL TADKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTRD GYPDYYALDY WGQGTSVTVS S

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.416 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 307127
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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