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基本情報
| 登録情報 |  | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of PSI-ACPI from Rhodomonas sp. NIES-2332 at 2.08 angstroms resolution | |||||||||
 マップデータ | ||||||||||
 試料 |
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 キーワード | photosynthesis complex / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
| 生物種 |  Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
 データ登録者 | Zhang WY / Akita F / Shen JR | |||||||||
| 資金援助 |  日本, 1件
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 引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural analysis of PSI-ACPI and PSII-ACPII supercomplexes from a cryptophyte alga Rhodomonas sp. NIES-2332 著者: Zhang WY / Yonehara N / Ishii M / Jiang H / Rocca RL / Tsai P-C / Li H / Kato K / Akita F / Shen JR | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_62656.map.gz | 413.2 MB |  EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-62656-v30.xmlemd-62656.xml | 44.4 KB 44.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_62656_fsc.xml | 19.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 |  emd_62656.png | 58.3 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-62656.cif.gz | 10.7 KB | ||
| その他 | emd_62656_half_map_1.map.gzemd_62656_half_map_2.map.gz | 764.2 MB 764.2 MB | ||
| アーカイブディレクトリ |  http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62656ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62656 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_62656_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_62656_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_62656_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_62656_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62656ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62656 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|
-マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_62656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.727 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)
-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_62656_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_62656_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Photosystem I complex binding with 14 ACPIs
+超分子 #1: Photosystem I complex binding with 14 ACPIs
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #11: PsaO
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit PsaK
+分子 #13: ACPI-s
+分子 #14: ACPI-c
+分子 #15: ACPI-a
+分子 #16: ACPI-b
+分子 #17: ACPI-h
+分子 #18: ACPI-m,f,j
+分子 #19: ACPI-e
+分子 #20: ACPI-l
+分子 #21: ACPI-k
+分子 #22: ACPI-i
+分子 #23: ACPI-d
+分子 #24: ACPI-g
+分子 #25: PsaR
+分子 #26: ACPI-n
+分子 #27: PsaQ
+分子 #28: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #29: CHLOROPHYLL A
+分子 #30: PHYLLOQUINONE
+分子 #31: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #32: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tet...
+分子 #33: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #34: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #35: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #36: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #37: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #38: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #39: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #40: Chlorophyll c2
+分子 #41: water
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
 解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-試料調製
| 緩衝液 | pH: 6.5 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源:  FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm |
| 実験機器 |  モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
