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万見
- EMDB-62344: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62344
タイトルCryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 5
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードTRP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / clathrin binding / TRP channels ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / clathrin binding / TRP channels / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of axon extension / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / nervous system development / presynapse / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin binding / growth cone / ATPase binding / neuron apoptotic process / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Kim S-H / Lee HH
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
Samsung Science and Technology Foundation 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1
著者: Kim S-H / Lee HH
履歴
登録2024年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62344.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.36 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.36 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.35685205 - 0.5201658
平均 (標準偏差)0.00043723284 (±0.016949413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62344_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62344_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1

全体名称: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 5
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1

超分子名称: Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 5

分子名称: Short transient receptor potential channel 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.951891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQLYYKKVN YSPYRDRIPL QIVRAETELS AEEKAFLNAV EKGDYATVKQ ALQEAEIYYN VNINCMDPLG RSALLIAIEN ENLEIMELL LNHSVYVGDA LLYAIRKEVV GAVELLLSYR RPSGEKQVPT LMMDTQFSEF TPDITPIMLA AHTNNYEIIK L LVQKRVTI ...文字列:
MAQLYYKKVN YSPYRDRIPL QIVRAETELS AEEKAFLNAV EKGDYATVKQ ALQEAEIYYN VNINCMDPLG RSALLIAIEN ENLEIMELL LNHSVYVGDA LLYAIRKEVV GAVELLLSYR RPSGEKQVPT LMMDTQFSEF TPDITPIMLA AHTNNYEIIK L LVQKRVTI PRPHQIRCNC VECVSSSEVD SLRHSRSRLN IYKALASPSL IALSSEDPIL TAFRLGWELK ELSKVENEFK AE YEELSQQ CKLFAKDLLD QARSSRELEI ILNHRDDHSE ELDPQKYHDL AKLKVAIKYH QKEFVAQPNC QQLLATLWYD GFP GWRRKH WVVKLLTCMT IGFLFPMLSI AYLISPRSNL GLFIKKPFIK FICHTASYLT FLFMLLLASQ HIVRTDLHVQ GPPP TVVEW MILPWVLGFI WGEIKEMWDG GFTEYIHDWW NLMDFAMNSL YLATISLKIV AYVKYNGSRP REEWEMWHPT LIAEA LFAI SNILSSLRLI SLFTANSHLG PLQISLGRML LDILKFLFIY CLVLLAFANG LNQLYFYYET RAIDEPNNCK GIRCEK QNN AFSTLFETLQ SLFWSVFGLL NLYVTNVKAR HEFTEFVGAT MFGTYNVISL VVLLNMLIAM MNNSYQLIAD HADIEWK FA RTKLWMSYFD EGGTLPPPFN IIPSPKSFLY LGNWFNNTFC PKRDPDGRRR RRNLRSFTER NADSLIQNQH YQEVIRNL V KRYVAAMIRN SKTHEGLTEE NFKELKQDIS SFRYEVLDLL GNRKSRLEVL FQ

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 5

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分子 #2: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: YZY
分子量理論値: 594.949 Da
Chemical component information

ChemComp-YZY:
(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 66.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7x6c

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29122
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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