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万見
- EMDB-62137: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62137
タイトルPentraxin Domain of PTX3 Hexamer
マップデータ
試料
  • 細胞: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Pentraxin-related protein PTX3
キーワードhexamer / immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


(1->3)-beta-D-glucan binding / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / ovarian cumulus expansion / host-mediated suppression of viral proces / opsonization / complement component C1q complex binding / response to yeast / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding ...(1->3)-beta-D-glucan binding / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / ovarian cumulus expansion / host-mediated suppression of viral proces / opsonization / complement component C1q complex binding / response to yeast / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / extracellular matrix organization / extracellular matrix / positive regulation of phagocytosis / specific granule lumen / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pentraxin-related protein PTX3 / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentraxin-related protein PTX3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.65 Å
データ登録者Guo HH / Zhang HW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer
著者: Guo HH / Zhang HW
履歴
登録2024年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 256.5 Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 256.5 Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 256.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.7468937 - 1.005524
平均 (標準偏差)0.0007110245 (±0.033413418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 256.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62137_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62137_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer

全体名称: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer
要素
  • 細胞: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Pentraxin-related protein PTX3

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超分子 #1: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer

超分子名称: Pentraxin Domain of PTX3 Hexamer / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pentraxin-related protein PTX3

分子名称: Pentraxin-related protein PTX3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.520561 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: LPAGCETAIL FPMRSKKIFG SVHPVRPMRL ESFSACIWVK ATDVLNKTIL FSYGTKRNPY EIQLYLSYQS IVFVVGGEEN KLVAEAMVS LGRWTHLCGT WNSEEGLTSL WVNGELAATT VEMATGHIVP EGGILQIGQE KNGCCVGGGF DETLAFSGRL T GFNIWDSV ...文字列:
LPAGCETAIL FPMRSKKIFG SVHPVRPMRL ESFSACIWVK ATDVLNKTIL FSYGTKRNPY EIQLYLSYQS IVFVVGGEEN KLVAEAMVS LGRWTHLCGT WNSEEGLTSL WVNGELAATT VEMATGHIVP EGGILQIGQE KNGCCVGGGF DETLAFSGRL T GFNIWDSV LSNEEIRETG GAESCHIRGN IVGWGVTEIQ PHGGAQYVS

UniProtKB: Pentraxin-related protein PTX3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI MORGAGNI
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7zl1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 117954
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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