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万見
- EMDB-60589: Cryo-EM Structure of the 2:1 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60589
タイトルCryo-EM Structure of the 2:1 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1
マップデータcomposite map combined from focus-refined maps
試料
  • 複合体: GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: scFv30
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding ...group II metabotropic glutamate receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / stress fiber assembly / cellular response to stress / positive regulation of Rho protein signal transduction / pseudopodium / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of receptor internalization / enzyme inhibitor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / clathrin-coated pit / insulin-like growth factor receptor binding / negative regulation of protein ubiquitination / calcium channel regulator activity / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein phosphorylation / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / scaffold protein binding / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / gene expression / dendritic spine / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynaptic membrane / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / protein ubiquitination / nuclear body / axon / Golgi membrane / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / glutamatergic synapse / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-arrestin-1 / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wen TL / Du M / Yang X / Shen YQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of β-arrestin coupling to the metabotropic glutamate receptor mGlu3.
著者: Tianlei Wen / Mei Du / Yue Lu / Nan Jia / Xuhang Lu / Ning Liu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang /
要旨: β-Arrestins (βarrs) mediate the desensitization and internalization of activated G-protein-coupled receptors (GPCRs). The molecular mechanism by which dimeric family C GPCR members recruit ...β-Arrestins (βarrs) mediate the desensitization and internalization of activated G-protein-coupled receptors (GPCRs). The molecular mechanism by which dimeric family C GPCR members recruit arrestins remains elusive. Here we report two structures of metabotropic glutamate receptor subtype 3 (mGlu3) coupled to βarr1, with stoichiometries of 2:1 and 2:2. The L-glutamate-bound mGlu3 dimer adopts an inactive state, with both Venus flytrap domains closed, engaging βarr1 either asymmetrically or symmetrically. The transmembrane domain of the mGlu3 protomer interacts with βarr1 through a binding pocket formed by three intracellular loops and an ordered C-terminal region. Three phosphorylation sites (pS857, pS859 and pT860) on the C-terminal tail of mGlu3 engage the N domain of βarr1. βarr1 stabilizes mGlu3 in an inactive conformation, characterized by a TM3/TM4-TM3/TM4 dimeric interface, previously observed in the negative allosteric modulator-bound structure of mGlu3. Our findings provide important insights into βarr-mediated inactivation of family C GPCRs.
履歴
登録2024年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map combined from focus-refined maps
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.07263484 - 1.1102294
平均 (標準偏差)0.0036934083 (±0.018324299)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 357.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex

全体名称: GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex
要素
  • 複合体: GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: scFv30
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex

超分子名称: GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 3

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.301766 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKMLTRLQVL TLALFSKGFL LSLGDHNFLR REIKIEGDLV LGGLFPINEK GTGTEECGRI NEDRGIQRLE AMLFAIDEIN KDDYLLPGV KLGVHILDTC SRDTYALEQS LEFVRASLTK VDEAEYMCPD GSYAIQENIP LLIAGVIGGS YSSVSIQVAN L LRLFQIPQ ...文字列:
MKMLTRLQVL TLALFSKGFL LSLGDHNFLR REIKIEGDLV LGGLFPINEK GTGTEECGRI NEDRGIQRLE AMLFAIDEIN KDDYLLPGV KLGVHILDTC SRDTYALEQS LEFVRASLTK VDEAEYMCPD GSYAIQENIP LLIAGVIGGS YSSVSIQVAN L LRLFQIPQ ISYASTSAKL SDKSRYDYFA RTVPPDFYQA KAMAEILRFF NWTYVSTVAS EGDYGETGIE AFEQEARLRN IC IATAEKV GRSNIRKSYD SVIRELLQKP NARVVVLFMR SDDSRELIAA ASRANASFTW VASDGWGAQE SIIKGSEHVA YGA ITLELA SQPVRQFDRY FQSLNPYNNH RNPWFRDFWE QKFQCSLQNK RNHRRVCDKH LAIDSSNYEQ ESKIMFVVNA VYAM AHALH KMQRTLCPNT TKLCDAMKIL DGKKLYKDYL LKINFTAPFN PNKDADSIVK FDTFGDGMGR YNVFNFQNVG GKYSY LKVG HWAETLSLDV NSIHWSRNSV PTSQCSDPCA PNEMKNMQPG DVCCWICIPC EPYEYLADEF TCMDCGSGQW PTADLT GCY DLPEDYIRWE DAWAIGPVTI ACLGFMCTCM VVTVFIKHNN TPLVKASGRE LCYILLFGVG LSYCMTFFFI AKPSPVI CA LRRLGLGSSF AICYSALLTK TNCIARIFDG VKNGAQRPKF ISPSSQVFIC LGLILVQIVM VSVWLILEAP GTRRYTLA E KRETVILKCN VKDSSMLISL TYDVILVILC TVYAFKTRKC PENFNEAKFI GFTMYTTCII WLAFLPIFYV TSSDYRVQT TTMCISVSLS GFVVLGCLFA PKVHIILFQP QKNVVTHRLH LNRFSVSGTG TTYSQ(SEP)(SEP)A(SEP)(TPO) YVPT VCNGR EVLDSTTSSL

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 3

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分子 #2: Beta-arrestin-1

分子名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.067332 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTVA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPSSVTL QPGPEDTGKA LGVDYEVKAF VAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列:
MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTVA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPSSVTL QPGPEDTGKA LGVDYEVKAF VAENLEEKIH K RNSVRLVI EKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD IVLFNTA QYKVPVAMEE ADDTVAPSST FSKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP ENETPVDTNL IELDTNDDDI VFEDFARQRL KGMK DDKEE EEDGTGSPQL NNR

UniProtKB: Beta-arrestin-1

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分子 #3: scFv30

分子名称: scFv30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.986742 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKG TTAASGSSGG SSSGAEVQLV ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GFNVYSSSIH W VRQAPGKG ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKG TTAASGSSGG SSSGAEVQLV ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GFNVYSSSIH W VRQAPGKG LEWVASISSY YGYTYYADSV KGRFTISADT SKNTAYLQMN SLRAEDTAVY YCARSRQFWY SGLDYWGQGT LV TVSSAHH HHHH

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分子 #5: GLUTAMIC ACID

分子名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: GLU
分子量理論値: 147.129 Da
Chemical component information

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸

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分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio reconstruction by CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39446
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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