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- EMDB-60556: Sarbecovirus RmYN02 Spike Trimer in a Locked Conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60556
タイトルSarbecovirus RmYN02 Spike Trimer in a Locked Conformation
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: the spike protein of RmYN02
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードspike protein / VIRAL PROTEIN
生物種Sarbecovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang J / Xiong X
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Other government2022A1515110495
Other governmentSRPG22-002
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: SARS-related coronavirus S-protein structures reveal synergistic RBM interactions underpinning high-affinity human ACE2 binding.
著者: Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Hang Yuan / Banghui Liu / Zexuan Li / Mengzhen Su / Gul Habib / Yutong Liu / Lutang Fu / Peiyi Wang / Mei Li / Jun He / Jing Chen / Peng Zhou / Zhengli Shi ...著者: Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Hang Yuan / Banghui Liu / Zexuan Li / Mengzhen Su / Gul Habib / Yutong Liu / Lutang Fu / Peiyi Wang / Mei Li / Jun He / Jing Chen / Peng Zhou / Zhengli Shi / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong /
要旨: High-affinity and specific binding toward the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor by severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS)-related coronaviruses (SARSr-CoVs) remains ...High-affinity and specific binding toward the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor by severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS)-related coronaviruses (SARSr-CoVs) remains incompletely understood. We report cryo-electron microscopy structures of eight different S-proteins from SARSr-CoVs found across Asia, Europe, and Africa. These S-proteins all adopt tightly packed, locked, prefusion conformations. These structures enable the classification of SARSr-CoV S-proteins into three types, based on their receptor-binding motif (RBM) structures and ACE2 binding characteristics. Type-2 S-proteins often preferentially bind bat ACE2 (bACE2) over hACE2. We report a structure of a type-2 BtKY72-RBD in complex with bACE2 to understand ACE2 specificity. Structure-guided mutagenesis of BtKY72-RBD reveals that multiple synergistic mutations in four different regions of RBM are required to achieve high-affinity hACE2 binding. Similar RBM changes can also confer hACE2 binding to another type-2 BM48-31 S-protein, which is primarily non-ACE2 binding. These results provide an understanding of how high-affinity hACE2 binding may be acquired by SARSr-CoV S-proteins.
履歴
登録2024年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.082045615 - 0.14840056
平均 (標準偏差)0.00010062288 (±0.005479357)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60556_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60556_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the spike protein of RmYN02

全体名称: the spike protein of RmYN02
要素
  • 細胞器官・細胞要素: the spike protein of RmYN02
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: the spike protein of RmYN02

超分子名称: the spike protein of RmYN02 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: RmYN02 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (ウイルス)
分子量理論値: 136.450047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFILLLIGYT AATTCVTGPT IENKQNVSSL MRGVYYPDDI YRSNVNVLFT VPFLRFNSTL TWYNFWNQAY TSRVMEFGDG IYFSTVDKS NAVRGWIFGT TLDNTTQSAL LINNGSLVTI QVCYFQFCAN PAFLVAGGQQ TSAAVYISSH NCTYSEVLSH I SLDFTEDT ...文字列:
MFILLLIGYT AATTCVTGPT IENKQNVSSL MRGVYYPDDI YRSNVNVLFT VPFLRFNSTL TWYNFWNQAY TSRVMEFGDG IYFSTVDKS NAVRGWIFGT TLDNTTQSAL LINNGSLVTI QVCYFQFCAN PAFLVAGGQQ TSAAVYISSH NCTYSEVLSH I SLDFTEDT GSFKRLREFV FKNNDGFLHI YGAYQPHVID IGATPSLPST FKPLIPLWKL PLGLNITNFK VVLTFRSNSQ PL QANFAVG SLKLTTIMLS FDVNGTIDKA VDCSSDPLSE LKCTLKSFNV SKGIYPTSNF RILPSTEVVR FPNITNFCPF DKV FNATRF PNVYAWQRTK ISDCIADYTV LYNSTSFSTF KCYGVSPSKL IDLCFTSVYA DTFLIRFSEV RQIAPGETGV IADY NYKLP DDFTGCVLAW NTAQQDIGSY FYRSHRAVKL KPFERDLSSD ENGVRTLSTY DFNPNVPLDY QATRVVVLSF ELLNA PATV CGPKLSTQLV KNRCVNFNFN GLRGTGVLTD SDKRFQSFQQ FGRDSADFTD SVRDPQTLQI LDISPCSFGG VSVITP GTQ TSSKVAVLYQ DVNCTDVPTA LGLDQISAAW RVYAIGNDVF QTQAGCLVGA EHTNISYECD IPIGAGVCAS YNSPAAR VG TNSIIAYAMS IGAESSIAYS NNSIAIPTNF SIQVTTEVLP VSVSKTSVDC TMYICGDSQE CNKLLLQYGS FCAQLNRA L SGVAVEQDKN TEAVFAQVKQ IYKAPVIKDL GGFNFSQLLP DPTKPSQRSF IEDLLFDKVT LSDAGFIKQY GDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAAYTSA LVSGTATAGW TFGIGAALQV PFAMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQ DSLSSTASAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD KVEAEVQIDR LITGRLQSLQ T YVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICYD GK AHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GSCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDL GDISGI NASVVNIQKE IDRLNEVAKN LNESLIDLQE LGKYEQGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLLEVLF QGPG HHHHH HHHSAWSHPQ FEKGGGSGGG GSGGSAWSHP QFEKSA

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 45 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
1.8 mMKH2PO4potassium dihydrogen phosphate

詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6pz2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27757
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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